Công văn số 5646/VPCP-KTTH ngày 09/10/2002 của Văn phòng Chính phủ là văn bản chỉ đạo quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc, đồng thời hướng dẫn chi tiết về cơ chế thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Đây là cơ sở pháp lý thiết thực giúp các doanh nghiệp thực hiện đúng quy trình thủ tục để được hưởng chính sách khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT), đồng thời tăng cường sự minh bạch trong hoạt động thương mại quốc tế.

- Mục đích và ý nghĩa của việc hướng dẫn cơ chế thanh toán qua ngân hàng

• Tạo hành lang pháp lý rõ ràng để các doanh nghiệp xuất nhập khẩu thực hiện nghĩa vụ và quyền lợi thuế một cách minh bạch.
• Hạn chế tình trạng gian lận thương mại, trốn thuế thông qua việc kiểm soát dòng tiền thực tế giữa bên mua và bên bán.
• Thúc đẩy chủ trương thanh toán không dùng tiền mặt trong nền kinh tế, đặc biệt là trong các giao dịch thương mại quốc tế và bán buôn quy mô lớn.

- Các phương thức thanh toán qua ngân hàng được thừa nhận hợp lệ

• Thanh toán trực tiếp từ tài khoản của bên mua nước ngoài sang tài khoản của bên bán tại Việt Nam thông qua hệ thống ngân hàng hoạt động hợp pháp.
• Các hình thức thanh toán quốc tế phổ biến bao gồm: Thư tín dụng (L/C), Điện chuyển tiền (T/T), Nhờ thu kèm chứng từ (D/P, D/A).
• Trường hợp thanh toán bằng bù trừ công nợ giữa hàng hóa xuất khẩu với hàng hóa nhập khẩu hoặc dịch vụ khác phải có hợp đồng quy định rõ ràng và văn bản đối chiếu, xác nhận công nợ định kỳ.
• Trường hợp thanh toán ủy thác qua bên thứ ba phải được quy định cụ thể trong hợp đồng xuất khẩu hoặc phụ lục hợp đồng kèm theo chứng từ chuyển tiền rõ ràng của bên thứ ba.

- Yêu cầu đối với chứng từ thanh toán qua ngân hàng

• Chứng từ thanh toán phải là giấy báo Có của ngân hàng phía Việt Nam về số tiền từ nước ngoài chuyển vào tài khoản của đơn vị xuất khẩu.
• Thông tin trên chứng từ phải khớp định danh về tên bên thanh toán, số hợp đồng xuất khẩu, trị giá thanh toán và tên đơn vị thụ hưởng.
• Các trường hợp chứng từ có sai sót nhỏ hoặc không khớp thông tin do lỗi kỹ thuật của ngân hàng cần phải có văn bản xác nhận, giải trình rõ ràng từ phía ngân hàng phục vụ.

- Trách nhiệm phối hợp của các cơ quan quản lý nhà nước

• Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế có trách nhiệm hướng dẫn cơ quan thuế các cấp kiểm tra chặt chẽ chứng từ thanh toán qua ngân hàng khi giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT cho doanh nghiệp.
• Ngân hàng Nhà nước Việt Nam chỉ đạo các ngân hàng thương mại tạo điều kiện thuận lợi, nhanh chóng trong việc cung cấp chứng từ, xác nhận dòng tiền thanh toán cho doanh nghiệp xuất khẩu.
• Cơ quan Hải quan phối hợp kiểm tra tính đồng bộ giữa tờ khai hải quan thực xuất và chứng từ thanh toán qua ngân hàng để đảm bảo tính hợp pháp của giao dịch.