Căn cứ quy định tại Điều 3 Luật thuế tiêu thụ đặc biệt (TTĐB) số 05/1998/QH10 ngày 20 tháng 5 năm 1998; công văn số 2009/VPCP-KTTH ngày 27 tháng 4 năm 2004 của Văn phòng Chính phủ thông báo ý kiến của Thủ tướng Chính phủ về việc không thu thuế TTĐB đối với thuốc lá điếu gia công xuất khẩu, Bộ Tài chính hướng dẫn việc không thu thuế TTĐB đối với sản phẩm thuốc lá do các Nhà máy sản xuất thuốc lá (thuộc Tổng Công ty thuốc lá Việt Nam) gia công cho Nhà máy thuốc lá Sài Gòn như sau:

1. Thuốc lá điếu do các Nhà máy thuộc Tổng Công ty thuốc lá Việt Nam gia công cho Nhà máy thuốc lá Sài Gòn để xuất khẩu hoặc uỷ thác xuất khẩu qua Công ty xuất nhập khẩu thuốc lá thuộc Tổng công ty thuốc lá Việt Nam không phải chịu thuế TTĐB.

2. Cơ sở đưa gia công và cơ sở gia công thuốc lá để xuất khẩu không phải chịu thuế TTĐB phải  có hồ sơ chứng minh là thuốc lá gia công đã thực tế xuất khẩu như sau:

a. Đối với cơ sở sản xuất nhận gia công thuốc lá điếu cho Nhà máy thuốc lá Sài gòn phải có hoá đơn, chứng từ sau:

- Hợp đồng gia công thuốc lá để xuất khẩu ký với Nhà máy thuốc lá Sài Gòn, trong đó nêu rõ tên, số lượng, chủng loại, giá thanh toán của thuốc lá gia công để xuất khẩu.

- Hoá đơn, chứng từ xuất trả mặt hàng thuốc lá điếu gia công.

- Biên bản thanh lý hàng gia công (thanh lý toàn bộ hoặc từng phần) với đơn vị đưa gia công, trong đó nêu rõ: tên, số lượng, chủng loại, tiền thanh toán hàng gia công. Bản thanh lý này được lập thành 4 bản lưu giữ tại đơn vị gia công, cơ sở đưa gia công và gửi cho cơ quan thuế trực tiếp quản lý hai đơn vị này.

Cơ sở đưa gia công và cơ sở nhận gia công phải bảo đảm số thuốc lá điếu mà hai bên ký hợp đồng gia công để xuất khẩu, không tiêu thụ nội địa và chịu trách nhiệm trước pháp luật về việc này.

Cơ sở gia công không phải tính, nộp thuế TTĐB đối với số thuốc lá gia công để xuất khẩu theo hợp đồng đã ký.

b. Đối với Nhà máy thuốc lá Sài Gòn phải có các chứng từ, hoá đơn sau để chứng minh hàng hoá đã xuất khẩu gồm:

- Hợp đồng bán hàng hoặc uỷ thác xuất khẩu thuốc lá điếu với Công ty xuất nhập khẩu.

- Hoá đơn bán hàng, giao hàng uỷ thác xuất khẩu.

- Biên bản đối chiếu công nợ định kỳ giữa Nhà máy thuốc lá Sài Gòn và Công ty xuất nhập khẩu, trong đó ghi rõ: số lượng, chủng loại sản phẩm, giá trị hàng uỷ thác đã xuất khẩu; số, ngày hợp đồng xuất khẩu của bên nhận uỷ thác xuất khẩu ký với nước ngoài; số, ngày, số tiền ghi trên chứng từ thanh toán qua ngân hàng với nước ngoài của bên nhận uỷ thác; số, ngày, số tiền ghi trên chứng từ thanh toán của bên nhận uỷ thác; số, ngày, số tiền ghi trên chứng từ thanh toán của bên nhận uỷ thác xuất khẩu thanh toán cho bên uỷ thác xuất khẩu; số, ngày tờ khai Hải quan hàng hoá xuất khẩu của bên nhận uỷ thác xuất khẩu kèm theo Bản sao Tờ khai Hải quan hàng hoá xuất khẩu.

Nhà máy thuốc lá Sài Gòn, Công ty xuất nhập khẩu phải chịu trách nhiệm trước pháp luật về thuốc lá điếu xuất khẩu nêu trên. Trường hợp kiểm tra, phát hiện số thuốc lá điếu đã kê khai xuất khẩu nhưng không xuất khẩu thì ngoài việc truy thu đủ số thuế TTĐB phải nộp đối với mặt hàng thuốc lá điếu, Nhà máy còn bị xử lý vi phạm về thuế theo quy định của pháp luật.

Ngoài các thủ tục, chứng từ quy định trên đây, các đơn vị gia công và Nhà máy thuốc lá Sài Gòn phải thực hiện kê khai, nộp thuế và quyết toán thuế TTĐB theo hướng dẫn tại Thông tư số 168/1998/TT-BTC ngày 21 tháng 12 năm 1998 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 84/1998/NĐ-CP ngày 12 tháng 10 năm 1998 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế TTĐB và Thông tư số 119/2003/TT-BTC ngày 12 tháng 12 năm 2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 149/2003/NĐ-CP ngày 4 tháng 12 năm 2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế TTĐB và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế TTĐB tuỳ theo thời điểm thi hành của từng Thông tư.

Bộ Tài chính hướng dẫn để Tổng Công ty thuốc lá Việt Nam, Nhà máy thuốc lá Sài Gòn, Cục thuế các tỉnh, thành phố biết và thực hiện. Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc đề nghị các đơn vị phản ánh về Bộ Tài chính (Tổng cục Thuế) đề nghiên cứu giải quyết.