Căn cứ Mục 4, Điều 4 Nghị định số 28/1998/NĐ-CP ngày 11/5/1998 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế GTGT.
Căn cứ Quyết định số 214/1999/QĐ-BKH ngày 26/4/1999 của Bộ Kế hoạch và Đầu tư về việc: Ban hành Danh mục các loại máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải chuyên dùng trong nước đã sản xuất được.
Tổng cục Hải quan hướng dẫn các đơn vị xử lý thuế GTGT đối với máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải chuyên dùng trong nước chưa sản xuất được nhập khẩu dùng làm TSCĐ của dự án như sau:
1. Các loại máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải chuyên dùng thuộc loại trong nước chưa sản xuất được mà cơ sở có dự án đầu tư nhập khẩu để làm TSCĐ theo dự án đó là đối tượng không chịu thuế GTGT, nếu hồ sơ lô hàng nhập khẩu đáp ứng các điều kiện sau:

+ Dự án đầu tư trong nước, dự án đầu tư nước ngoài đã được cấp giấy phép đầu tư hoặc dự án đầu tư khác được cấp có thẩm quyền phê duyệt.

+ Hợp đồng hoặc phương án nhập khẩu xác định rõ nguồn gốc nơi nhập khẩu, loại máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải chuyên dùng làm TSCĐ theo dự án đầu tư.

+ Mặt hàng không thuộc Danh mục các loại máy móc, thiết bị và phương tiện vận tải chuyên dùng trong nước đã sản xuất được, ban hành kèm theo Quyết định số 214/1999/QĐ-BKH ngày 26/4/1999 của Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư.

2. Trường hợp cơ sở nhập khẩu dây chuyền thiết bị, máy móc đồng bộ (được áp dụng nguyên tắc) phân loại theo máy móc chính nếu đáp ứng quy định tại Điểm 2, Mục II - Nguyên tắc phân loại hàng hoá trong Biểu thuế nhập khẩu, phần A, Thông tư 37/1999/TT-BTC của Bộ Tài chính), nếu hồ sơ lô hàng nhập khẩu đáp ứng đủ các điều kiện nêu tại Điểm 1 (riêng điều kiện thứ 3 áp dụng cho máy chính) Công văn này thì không tính thuế GTGT cho cả dây chuyền thiết bị, máy móc đồng bộ mặc dù có thể trong dây chuyền đồng bộ đó có cả loại thiết bị, máy móc trong nước đã sản xuất được.

3. Yêu cầu Cục Hải quan các tỉnh, thành phố kiểm tra lại toàn bộ hồ sơ các lô hàng là máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải nhập khẩu từ ngày 1/1/1999 để xử lý như sau:

+ Trường hợp doanh nghiệp có cam kết là hàng nhập khẩu thuộc diện trong nước chưa sản xuất được để tạm thời được hưởng không thu thuế GTGT song thực tế lại là mặt hàng nằm trong Danh mục các loại thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng trong nước đã sản xuất được thì Cục Hải quan các tỉnh, thành phố có văn bản yêu cầu doanh nghiệp nộp thuế ngay theo thông báo thuế ban đầu và nộp phạt chậm nộp theo Luật định.

+ Trường hợp các lô hàng đã được Bộ, cơ quan chủ quản chuyên ngành hoặc cơ quan quản lý chuyên ngành cấp tỉnh xác nhận là loại thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng cơ sở nhập khẩu làm TSCĐ, thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cũng phải rà soát đối chiếu với Danh mục các loại máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải chuyên dùng trong nước đã sản xuất được để xử lý về thuế GTGT như trường hợp trên, nhưng không xử lý phạt chậm nộp đối với Doanh nghiệp (nếu có).

+ Trường hợp lô hàng nhập khẩu đáp ứng đủ các điều kiện nêu tại Điểm 1 Công văn này, nhưng doanh nghiệp đã nộp thuế GTGT thì sẽ được khấu trừ vào số thuế GTGT phải nộp của các lô hàng nhập khẩu tiếp theo của đơn vị. Nếu doanh nghiệp có khó khăn về vốn hoặc do điều kiện thực tế cần được hoàn lại số thuế GTGT đã nộp thì sẽ được hoàn trả trên cơ sở các thủ tục về hoàn thuế đã quy định.

Tổng cục Hải quan thông báo để Cục Hải quan các tỉnh, thành phố biết và thực hiện. Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc hoặc có ý kiến khác khi sử dụng Danh mục các loại thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng trong nước đã sản xuất được để giải quyết thủ tục có liên quan về thuế GTGT đối với hàng hoá nhập khẩu thì báo cáo kịp thời để Tổng cục Hải quan có hướng xử lý phù hợp với tình hình thực tế.