Nghị định số 01/1998/NĐ-CP do Chính phủ ban hành quy định về hệ thống tổ chức y tế địa phương nhằm thiết lập cơ cấu tổ chức, chức năng, nhiệm vụ và cơ chế quản lý đối với các cơ quan y tế từ cấp tỉnh đến cấp cơ sở.

Phạm vi áp dụng của Nghị định bao gồm toàn bộ hệ thống tổ chức y tế tại các địa phương trên phạm vi cả nước. Đối tượng áp dụng trực tiếp là các cơ quan chuyên môn y tế cấp tỉnh, cấp huyện, cấp xã, cùng các tổ chức, cá nhân có liên quan đến hoạt động quản lý và thực hiện công tác y tế tại địa phương.

Hệ thống tổ chức y tế địa phương được quy định thống nhất bao gồm 3 cấp hành chính cụ thể:

• Sở Y tế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
• Trung tâm y tế huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh (gọi chung là Trung tâm y tế huyện).
• Trạm y tế xã, phường, thị trấn (gọi chung là Trạm y tế cơ sở).

Sở Y tế đóng vai trò là cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương với các nhiệm vụ và cơ chế quản lý sau:

• Giúp Ủy ban nhân dân cấp tỉnh thực hiện chức năng quản lý Nhà nước về công tác y tế trên địa bàn.
• Quản lý và chỉ đạo trực tiếp về chuyên môn, nghiệp vụ đối với công tác y tế địa phương.
• Quản lý kinh phí và nhân lực y tế đối với toàn bộ hệ thống y tế trên địa bàn tỉnh, thành phố theo phân cấp của cơ quan có thẩm quyền.
• Chịu sự quản lý toàn diện của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, đồng thời chịu sự chỉ đạo, hướng dẫn về chuyên môn, nghiệp vụ của Bộ Y tế.

Trung tâm y tế huyện là tổ chức thuộc Sở Y tế, hoạt động dưới cơ chế quản lý song trùng chỉ đạo:

• Chịu sự quản lý, chỉ đạo, hướng dẫn, thanh tra, kiểm tra trực tiếp của Giám đốc Sở Y tế về chuyên môn, nghiệp vụ, kinh phí và nhân lực y tế.
• Chịu sự quản lý, chỉ đạo của Ủy ban nhân dân cấp huyện trong việc xây dựng kế hoạch phát triển y tế của huyện để trình cơ quan có thẩm quyền và tổ chức thực hiện sau khi được phê duyệt.
• Thực hiện các nhiệm vụ chuyên môn gồm: phòng bệnh, chữa bệnh, bảo vệ sức khỏe bà mẹ trẻ em và kỹ thuật về kế hoạch hóa gia đình.
• Chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra hoạt động chuyên môn, nghiệp vụ và bồi dưỡng cho cán bộ tại các trạm y tế cơ sở.
• Phối hợp với các ngành, đoàn thể trong huyện tham gia chăm sóc, bảo vệ sức khỏe nhân dân và giúp Ủy ban nhân dân huyện kiểm tra việc chấp hành pháp luật y tế đối với các cơ sở y tế nhà nước và hành nghề y, dược tư nhân trên địa bàn.
• Về nhân sự: Giám đốc và Phó Giám đốc Trung tâm y tế huyện do Giám đốc Sở Y tế bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức sau khi có sự thỏa thuận bằng văn bản của Chủ tịch Ủy ban nhân dân huyện.

Trạm y tế cơ sở là cấp y tế gần dân nhất, có trách nhiệm hỗ trợ Giám đốc Trung tâm y tế huyện và Ủy ban nhân dân cấp xã thực hiện nhiệm vụ y tế trên địa bàn:

• Chịu sự quản lý, chỉ đạo và hướng dẫn của Giám đốc Trung tâm y tế huyện về chuyên môn, nghiệp vụ, kinh phí và nhân lực y tế.
• Chịu sự quản lý, chỉ đạo của Ủy ban nhân dân cấp xã trong việc xây dựng và tổ chức thực hiện kế hoạch phát triển y tế xã sau khi được phê duyệt.
• Phối hợp với các ngành, đoàn thể cấp xã tham gia vào các hoạt động chăm sóc và bảo vệ sức khỏe nhân dân.
• Về nhân sự: Trưởng trạm và Phó trưởng trạm y tế cơ sở do Giám đốc Trung tâm y tế huyện bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức sau khi có sự thỏa thuận bằng văn bản của Chủ tịch Ủy ban nhân dân cấp xã.
• Nhiệm vụ và chế độ chính sách cụ thể của Trạm y tế cơ sở tiếp tục được thực hiện theo Quyết định số 58/TTg ngày 03 tháng 02 năm 1994 và Quyết định số 131/TTg ngày 04 tháng 3 năm 1995 của Thủ tướng Chính phủ.

Công tác tổ chức thực hiện và hướng dẫn chi tiết được phân công cụ thể:

• Bộ trưởng Bộ Y tế phối hợp với Bộ trưởng, Trưởng ban Tổ chức - Cán bộ Chính phủ chịu trách nhiệm hướng dẫn cụ thể việc thi hành Nghị định này.
• Các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, Chủ tịch Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương chịu trách nhiệm thi hành Nghị định.

Nghị định này có hiệu lực thi hành sau 15 ngày kể từ ngày ký văn bản. Các quy định trước đây tại Nghị quyết số 15/CP ngày 14 tháng 01 năm 1975 của Hội đồng Chính phủ về việc cải tiến tổ chức y tế địa phương trái với Nghị định này đều bị bãi bỏ.