Quyết định số 103/2009/QĐ-TTg do Thủ tướng Chính phủ ban hành ngày 20 tháng 6 năm 2005 (sửa đổi bởi Quyết định này và có hiệu lực từ ngày 01 tháng 10 năm 2009) về việc sửa đổi, bổ sung một số điều của Quyết định số 149/2005/QĐ-TTg về việc thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử. Quyết định này tập trung vào việc mở rộng địa bàn thí điểm, kéo dài thời gian thực hiện, xác định rõ cơ sở pháp lý và quy định chi tiết quyền, nghĩa vụ của doanh nghiệp tham gia thủ tục hải quan điện tử.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Quyết định này áp dụng đối với các cơ quan hải quan tại các tỉnh, thành phố được lựa chọn thực hiện thí điểm, các doanh nghiệp tham gia hoạt động xuất nhập khẩu lựa chọn thực hiện thủ tục hải quan điện tử, cùng các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan đến hoạt động quản lý nhà nước về hải quan và thuế.

Địa điểm và thời gian thực hiện thí điểm thủ tục hải quan điện tử

Quyết định đã điều chỉnh và mở rộng phạm vi, đồng thời xác định lộ trình thời gian thực hiện thí điểm cụ thể như sau:

• Địa điểm thí điểm: Thủ tục hải quan điện tử được thực hiện thí điểm tại Cục Hải quan các tỉnh, thành phố bao gồm: Hải Phòng, Thành phố Hồ Chí Minh, Hà Nội, Đà Nẵng, Đồng Nai, Bình Dương, Lạng Sơn, Quảng Ninh, Bà Rịa – Vũng Tàu, Quảng Ngãi. Ngoài ra, phạm vi thí điểm có thể được mở rộng tại Cục Hải quan các tỉnh, thành phố khác theo đề nghị của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
• Thời gian thí điểm: Thời gian thực hiện thí điểm được kéo dài đến hết năm 2011.
• Báo cáo và đánh giá: Vào cuối quý III năm 2011, Bộ Tài chính có trách nhiệm lập báo cáo tổng kết, đánh giá toàn diện việc thực hiện thí điểm và kiến nghị phương án thực hiện thủ tục hải quan điện tử cho giai đoạn tiếp theo để trình Thủ tướng Chính phủ xem xét, quyết định.

Cơ sở pháp lý thực hiện thủ tục hải quan điện tử

Thủ tục hải quan điện tử được xây dựng và thực hiện thống nhất dựa trên các căn cứ pháp lý vững chắc bao gồm: Luật Hải quan; các Luật về thuế và các Nghị định của Chính phủ quy định chi tiết thi hành các Luật về thuế; Luật Giao dịch điện tử cùng các văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn thi hành; và các điều ước quốc tế có liên quan đến lĩnh vực hải quan mà Việt Nam là thành viên.

Quyền lợi của doanh nghiệp tham gia thủ tục hải quan điện tử

Bên cạnh các quyền lợi chung theo quy định của Luật Hải quan, Luật Quản lý thuế và Luật Giao dịch điện tử, doanh nghiệp tham gia thí điểm thủ tục hải quan điện tử được hưởng các quyền lợi ưu đãi đặc thù sau:

• Được cơ quan Hải quan hỗ trợ đào tạo nghiệp vụ, cung cấp phần mềm khai báo hải quan điện tử và tư vấn trực tiếp hoàn toàn miễn phí.
• Được sử dụng chứng từ điện tử hoặc chứng từ giấy được chuyển đổi sang dạng điện tử đi kèm tờ khai hải quan điện tử trong hồ sơ hải quan để cơ quan Hải quan kiểm tra khi có yêu cầu.
• Được ưu tiên thực hiện thủ tục trước so với các trường hợp đăng ký hồ sơ hải quan bằng giấy truyền thống trong trường hợp cơ quan Hải quan quyết định phải kiểm tra chi tiết hồ sơ hoặc kiểm tra thực tế hàng hóa.
• Được thông quan hoặc giải phóng hàng hóa trực tiếp trên cơ sở tờ khai điện tử mà không cần xuất trình hoặc nộp các chứng từ kèm theo đối với những lô hàng thuộc diện được miễn kiểm tra hồ sơ và miễn kiểm tra thực tế hàng hóa. Đối với lô hàng phải kiểm tra, doanh nghiệp chỉ phải nộp hoặc xuất trình các chứng từ liên quan trực tiếp đến nội dung yêu cầu kiểm tra của cơ quan Hải quan.
• Được sử dụng chứng từ in ra từ hệ thống khai hải quan điện tử (có đóng dấu và chữ ký của đại diện hợp pháp của doanh nghiệp) đối với lô hàng đã được chấp nhận thông quan, giải phóng hàng hoặc đưa về bảo quản để làm chứng từ hợp pháp vận chuyển hàng hóa trên đường.
• Được chủ động lựa chọn hình thức nộp lệ phí hải quan và các loại phí khác do cơ quan Hải quan thu hộ theo từng tờ khai hải quan hoặc nộp gộp theo tháng.
• Được cơ quan Hải quan cung cấp đầy đủ, kịp thời thông tin về quá trình xử lý hồ sơ hải quan điện tử thông qua hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan.

Nghĩa vụ của doanh nghiệp tham gia thủ tục hải quan điện tử

Doanh nghiệp tham gia thí điểm phải tuân thủ nghiêm ngặt các nghĩa vụ pháp lý sau:

• Chịu trách nhiệm hoàn toàn trước pháp luật về tính chính xác, tính hợp pháp khi sử dụng các chứng từ được in ra từ hệ thống khai hải quan điện tử.
• Thực hiện việc lưu giữ đầy đủ chứng từ hải quan (bao gồm cả dạng điện tử và văn bản giấy) theo đúng thời hạn quy định của Luật Hải quan, Luật Giao dịch điện tử và các văn bản pháp luật liên quan; bảo đảm tính toàn vẹn về cả nội dung và hình thức của chứng từ được lưu giữ; xuất trình đầy đủ các chứng từ này khi có yêu cầu kiểm tra của cơ quan Hải quan.
• Thực hiện sao chép và lưu giữ an toàn bản sao của các chứng từ hải quan điện tử, kể cả trong trường hợp di chuyển dữ liệu sang hệ thống máy tính khác hoặc địa điểm lưu trữ khác.

Hiệu lực thi hành và trách nhiệm thực hiện

Quyết định 103/2009/QĐ-TTg có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 10 năm 2009.

Các Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang Bộ, Thủ trưởng cơ quan thuộc Chính phủ, và Chủ tịch Ủy ban nhân dân các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương chịu trách nhiệm thi hành và tổ chức triển khai thực hiện các nội dung quy định tại Quyết định này.