Ngày 14 tháng 03 năm 1998, Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 31/1998/TT-BTC nhằm sửa đổi, bổ sung Thông tư số 47/TC/TCT ngày 25/07/1997 về chế độ thu, nộp và quản lý lệ phí cấp giấy phép thành lập doanh nghiệp và lệ phí đăng ký kinh doanh. Văn bản này được ban hành nhằm điều chỉnh các mức phí và lệ phí cho phù hợp với thực tiễn phát triển kinh tế, đồng thời hoàn thiện cơ chế quản lý tài chính đối với hoạt động cấp phép kinh doanh tại Việt Nam.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Thông tư này áp dụng đối với các cơ quan nhà nước có thẩm quyền thực hiện việc cấp giấy phép thành lập doanh nghiệp, giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, giấy phép mở chi nhánh hoặc văn phòng đại diện. Đối tượng nộp lệ phí bao gồm các tổ chức, cá nhân trong nước và nước ngoài khi thực hiện các thủ tục xin cấp các loại giấy phép và giấy chứng nhận nêu trên theo quy định của pháp luật.

Sửa đổi, bổ sung mức thu lệ phí cấp giấy phép và đăng ký kinh doanh

• Điều chỉnh giảm hoặc chuẩn hóa mức thu lệ phí cấp giấy phép thành lập đối với các loại hình doanh nghiệp trong nước bao gồm doanh nghiệp nhà nước, công ty trách nhiệm hữu hạn, công ty cổ phần và doanh nghiệp tư nhân nhằm tạo điều kiện khơi thông nguồn vốn và khuyến khích thành lập doanh nghiệp mới.
• Quy định cụ thể mức lệ phí đăng ký kinh doanh đối với các hợp tác xã, liên hiệp hợp tác xã và hộ kinh doanh cá thể, đảm bảo mức thu phù hợp với quy mô hoạt động và năng lực tài chính của từng nhóm đối tượng.
• Xác định rõ mức lệ phí cấp giấy phép thành lập và hoạt động đối với các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, các chi nhánh và văn phòng đại diện của thương nhân nước ngoài hoạt động tại Việt Nam.

Chế độ quản lý, sử dụng và nộp ngân sách nhà nước đối với nguồn thu lệ phí

• Cơ quan trực tiếp thu lệ phí được phép trích lại một tỷ lệ phần trăm nhất định trên tổng số tiền lệ phí thực thu được để trang trải cho các chi phí phục vụ công tác thu và cấp phép. Các khoản chi được phép bao gồm: chi in ấn biểu mẫu, phôi bằng, giấy chứng nhận; chi văn phòng phẩm, thông tin liên lạc; chi bồi dưỡng cho cán bộ trực tiếp làm công tác thu và giải quyết hồ sơ theo chế độ quy định.
• Toàn bộ số tiền lệ phí còn lại sau khi trừ đi tỷ lệ được để lại theo quy định phải được cơ quan thu nộp kịp thời, đầy đủ vào Ngân sách Nhà nước theo đúng chương, loại, khoản, mục, tiểu mục của Mục lục ngân sách nhà nước hiện hành.
• Cơ quan thu lệ phí có trách nhiệm mở tài khoản tạm giữ tiền lệ phí tại Kho bạc Nhà nước nơi giao dịch để theo dõi và thực hiện nộp ngân sách theo định kỳ quy định.

Trách nhiệm của cơ quan thu và đối tượng nộp lệ phí

• Đối tượng nộp lệ phí có nghĩa vụ nộp đầy đủ, đúng hạn số tiền lệ phí bằng đồng Việt Nam (VND) trước khi nhận giấy phép hoặc giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh từ cơ quan cấp phép.
• Cơ quan thu lệ phí phải thực hiện niêm yết công khai, rõ ràng mức thu lệ phí tại địa điểm thu tiền để người nộp dễ dàng theo dõi và giám sát.
• Khi thu tiền, cơ quan thu phải lập và giao hóa đơn, biên lai thu lệ phí cho người nộp theo đúng mẫu biên lai do Tổng cục Thuế phát hành. Nghiêm cấm việc thu lệ phí không dùng biên lai hoặc dùng biên lai tự in không đúng quy định.
• Thực hiện mở sổ sách kế toán, ghi chép, hạch toán đầy đủ, rõ ràng số tiền lệ phí đã thu, đã nộp và số tiền được để lại chi tiêu tại đơn vị; thực hiện quyết toán thuế và lệ phí hàng năm với cơ quan Thuế trực tiếp quản lý.

Hiệu lực thi hành

Thông tư 31/1998/TT-BTC có hiệu lực thi hành sau 15 ngày kể từ ngày ký ban hành. Các quy định trước đây về lệ phí cấp giấy phép thành lập doanh nghiệp và lệ phí đăng ký kinh doanh trái với quy định tại Thông tư này đều bãi bỏ. Các nội dung khác liên quan đến chế độ thu, nộp và quản lý lệ phí không được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư này vẫn tiếp tục thực hiện theo quy định tại Thông tư số 47/TC/TCT ngày 25/07/1997 của Bộ Tài chính.