Căn cứ Nghị định số 40/CP ngày 5/7/1996 của Chính phủ về đảm bảo trật tự, an toàn giao thông đường thuỷ nội địa và Nghị định số 77/1998/NĐ-CP ngày 26/9/1998 về sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 40/CP ngày 5/7/1996 của Chính phủ.
Căn cứ Nghị định 87/CP ngày 19/12/1996 và Nghị định số 51/1998/NĐ-CP ngày 18/7/1998 của Chính phủ quy định chi tiết việc phân cấp quản lý, lập, chấp hành và quyết toán ngân sách Nhà nước.
Căn cứ Nghị định số 04/1999/NĐ-CP ngày 30/1/1999 của Chính phủ về phí, lệ phí thuộc ngân sách Nhà nước.
Căn cứ Quyết định số: 142/1999/QĐ/BTC ngày 19/11/1999 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành mức thu phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa.
Sau khi thống nhất với Bộ Giao thông Vận tải; Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ quản lý sử dụng phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa như sau:

1. Tiền thu phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa là nguồn thu của ngân sách nhà nước. Đối tượng, mức thu, tổ chức thu phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa thực hiện theo Quyết định số 142/1999/QĐ/BTC ngày 19/11/1999 của Bộ trưởng Bộ Tài chính về việc ban hành mức thu phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa.

Đơn vị tổ chức thu phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa được sử dụng tối đa 80% số phí, lệ phí thu được để chi cho hoạt động cảng vụ theo dự toán được cơ quan có thẩm quyền duyệt theo chế độ chi tiêu tài chính hiện hành; Số thu còn lại (20%) phải nộp Ngân sách Nhà nước.

2. Nội dung chi phí, lệ phí:

Số thu phí, lệ phí của Cảng vụ đường thuỷ nội địa được sử dụng tại đơn vị theo dự toán được cấp có thẩm quyền phê duyệt bao gồm các nội dung sau:

a. Chi thường xuyên bảo đảm hoạt động của bộ máy tổ chức Cảng vụ:

Chi cho hoạt động của bộ máy cảng vụ được xác định trên cơ sở định mức chi quản lý Nhà nước hiện hành theo biên chế được Bộ Giao thông Vận tải giao để chi: Lương và các khoản phụ cấp lương theo Nghị định số 25/CP ngày 23/5/1993 của Chính phủ "Qui định tạm thời chế độ tiền lương mới của công chức, viên chức hành chính sự nghiệp và lực lượng vũ trang", thông tin tuyên truyền, bảo hộ lao động, trang bị đồng phục, bồi dưỡng chuyên môn nghiệp vụ, bồi dưỡng độc hại làm việc ngoài giờ.

b. Chi đặc thù, gồm :

- Chi mua nhiên liệu phục vụ trực tiếp cho hoạt động nghiệp vụ của cảng vụ.

- Chi mua sắm, sửa chữa lớn phương tiện, thiết bị chuyên dùng phục vụ việc thu phí, lệ phí.

- Chi cho công tác tìm kiếm cứu nạn tàu và người trong khu vực trách nhiệm.

- Chi thuê trụ sở (nếu có).

- Chi mua biên lai, ấn chỉ ...

c. Trích quĩ khen thưởng và quĩ phúc lợi cho công nhân viên chức thực hiện việc thu, nộp phí, cảng vụ đường thuỷ nội địa. Mức trích quĩ khen thưởng, quĩ phúc lợi tối đa không quá 3 tháng lương thực hiện.

3. Lập và chấp hành dự toán thu chi phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa.

Trên cơ sở thông báo số kiểm tra về dự toán thu chi ngân sách hàng năm của Bộ Giao thông Vận tải và định hướng phát triển của ngành; Cục Đường sông Việt nam thông báo số kiểm tra dự toán thu chi phí lệ phí cảng vụ cho các Cảng vụ đường thuỷ nội địa khu vực.

Trên cơ sở giao số kiểm tra về dự toán thu chi ngân sách, số lượng, trọng tải phương tiện ra vào cảng đường thuỷ nội địa; Căn cứ vào nội dung chi quy định tại mục 2 của Thông tư này và chế độ chi tiêu tài chính hiện hành, cơ quan thu phí cảng vụ đường thuỷ nội địa lập dự toán thu chi phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa chi tiết theo mục lục NSNN gửi Cục Đường sông Việt nam để tổng hợp báo cáo Bộ Giao thông Vận tải. Bộ Giao thông Vận tải tổng hợp dự toán thu chi phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa vào dự toán thu chi ngân sách của Bộ Giao thông Vận tải và gửi Bộ Tài chính để tổng hợp trình Thủ tướng Chính phủ giao dự toán thu chi phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa cùng với giao dự toán thu chi ngân sách hàng năm của Bộ Giao thông Vận tải.

Căn cứ vào số giao dự toán thu, chi phí cảng vụ đường thuỷ nội địa, Bộ Giao thông Vận tải (Cục Đường sông Việt nam) giao dự toán thu chi phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa cho các đơn vị trực thuộc đồng gửi Bộ Tài chính; Kho bạc Nhà nước và cơ quan thuế sở tại. Thông báo giao dự toán phải chi tiết theo mục thu, chi theo mục lục ngân sách nhà nước, phù hợp với tổng mức thu, chi của Nhà nước giao cho Bộ Giao thông Vận tải. Bộ Tài chính có trách nhiệm xem xét, nếu dự toán thu chi phí, lệ phí cảng vụ thông báo cho các đơn vị không phù hợp với dự toán thu, chi đã được giao thì Bộ Tài chính đề nghị điều chỉnh lại cho phù hợp.

Trên cơ sở dự toán thu chi cả năm được giao, các Cảng vụ đường thuỷ nội địa lập dự toán thu chi phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa theo quí, có chi tiết theo các mục thu, chi của mục lục ngân sách nhà nước gửi Cục Đường sông việt nam và Kho bạc Nhà nước nơi đơn vị mở tài khoản giao dịch. Cục Đường sông Việt nam tổng hợp dự toán thu chi ngân sách quí, gửi Bộ Giao thông Vận tải và Bộ Tài chính.

Kho bạc nhà nước căn cứ vào số thu về phí, lệ phí; dự toán chi được cấp có thẩm quyền phê duyệt, lệnh chuẩn chi của thủ trưởng đơn vị và các hồ sơ chứng từ hợp pháp, hợp lệ theo quy định hiện hành cấp tạm ứng hoặc thanh toán cho đơn vị theo quy định tại Thông tư số 40/1998/TT-BTC ngày 31/3/1998 của Bộ Tài chính về hướng dẫn chế độ quản lý, cấp phát, thanh toán các khoản chi ngân sách nhà nước qua Kho bạc nhà nước và các quy định tại Thông tư này. Các Cảng vụ đường thuỷ nội địa định kỳ phải nộp 20% số tiền thu phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa vào ngân sách nhà nước theo Chương 021A, Loại 09, Khoản 04, Mục 032, Tiểu mục 15 của Mục lục NSNN.

Đơn vị tổ chức thu phải mở tài khoản thu phí tại Kho bạc nơi giao dịch; Định kỳ từ 7 đến 10 ngày số phí, lệ phí thu được của hoạt động cảng vụ đường thuỷ nội địa phải nộp vào tài khoản thu tại Kho bạc Nhà nước.

4. Điều hoà phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa.

Trường hợp số thu phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa của đơn vị để lại chi theo tỷ lệ quy định thấp hơn số chi được cấp có thẩm quyền duyệt thì Cục Đường sông Việt nam được điều hoà từ đơn vị có số thu cao sang đơn vị có thu thấp trong phạm vi 80% số thu toàn bộ khối cảng vụ đường thuỷ nội địa để bảo đảm hoạt động, cụ thể như sau:

Căn cứ vào số thu phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa gửi tại Kho bạc nhà nước định kỳ cuối tháng, cuối quí. Sau khi trừ đi dự toán chi được cấp có thẩm quyền duyệt, số còn lại đơn vị nộp vào tài khoản của Cục Đường sông Việt nam để điều hoà cho các đơn vị trực thuộc có số thu thấp hơn số chi theo dự toán chi được cấp có thẩm quyền phê duyệt.

Cục Đường sông Việt nam được mở tài khoản tại Kho bạc nhà nước để thực hiện việc điều hoà này.

Các đơn vị cảng vụ chi theo dự toán được duyệt, nếu dự toán thu không đạt thì dự toán chi sẽ giảm tương ứng.

5. Quyết toán thu chi phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa.

Cuối quí, cuối năm đơn vị tổ chức thu phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa có trách nhiệm quyết toán toàn bộ số thu chi phí, lệ phí cảng vụ (bao gồm cả số phí, lệ phí được điều hoà) theo chế độ kế toán quy định đối với đơn vị hành chính sự nghiệp.

Trường hợp số phí, lệ phí cảng vụ đường thuỷ nội địa được để lại chi (bao gồm phí, lệ phí để lại đơn vị cảng vụ và tài khoản phí, lệ phí mở tại Cục Đường sông Việt nam), nếu cuối năm sử dụng không hết thì đơn vị phải nộp tiếp vào ngân sách nhà nước.

6. Bộ Giao thông Vận tải (Cục Đường sông Việt Nam) có trách nhiệm phối hợp với Bộ Tài chính tổ chức kiểm tra định kỳ (hoặc đột xuất) các đơn vị tổ chức thu để đảm bảo việc thu đúng chế độ, chi tiêu đúng mục đích, có hiệu quả và xử lý kịp thời các sai phạm (nếu có).

7. Thông tư này có hiệu lực thi hành từ ngày 1/1/2000; Các quy định khác về sử dụng phí cảng vụ đường thuỷ nội địa trái với thông tư này đều bãi bỏ.

Trong quá trình thực hiện nếu có vướng mắc, đề nghị các cơ quan phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để nghiên cứu giải quyết.