Công văn 09/TCHQ-TXNK được Tổng cục Hải quan ban hành ngày 05 tháng 01 năm 2015 nhằm giải quyết các vướng mắc liên quan đến việc hoàn thuế và khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với mặt hàng phân bón nhập khẩu. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng trong giai đoạn chuyển tiếp khi Luật số 71/2014/QH13 có hiệu lực thi hành, đưa mặt hàng phân bón từ nhóm chịu thuế GTGT 5% sang nhóm đối tượng không chịu thuế GTGT.

Phạm vi và đối tượng áp dụng của văn bản

Văn bản áp dụng đối với các cơ quan hải quan địa phương, các doanh nghiệp hoạt động trong lĩnh vực nhập khẩu, sản xuất và kinh doanh phân bón tại Việt Nam. Phạm vi điều chỉnh tập trung vào việc xử lý thuế GTGT đối với các lô hàng phân bón nhập khẩu có thời điểm đăng ký tờ khai hải quan giao thoa giữa quy định cũ và quy định mới của Luật số 71/2014/QH13.

Nội dung hướng dẫn cốt lõi của Công văn 09/TCHQ-TXNK

1. Nguyên tắc áp dụng thuế GTGT đối với phân bón nhập khẩu

• Kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2015, mặt hàng phân bón nhập khẩu chính thức thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT theo quy định của Luật số 71/2014/QH13. Do đó, người nộp thuế không phải kê khai, nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu đối với các tờ khai đăng ký từ thời điểm này.
• Đối với các tờ khai hải quan đăng ký trước ngày 01 tháng 01 năm 2015, việc tính thuế GTGT vẫn được thực hiện theo quy định cũ với mức thuế suất là 5%, bất kể thời điểm thông quan hay giải phóng hàng hóa diễn ra sau ngày này.

2. Hướng dẫn xử lý hoàn thuế và khấu trừ thuế GTGT đầu vào

• Số thuế GTGT đầu vào phát sinh từ ngày 01 tháng 01 năm 2015 phục vụ cho việc sản xuất, kinh doanh mặt hàng phân bón (do thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT) sẽ không được khấu trừ hay hoàn thuế tại cơ quan thuế. Toàn bộ số thuế GTGT đầu vào này được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).
• Đối với số thuế GTGT đầu vào phát sinh trước ngày 01 tháng 01 năm 2015 của các doanh nghiệp kinh doanh phân bón mà chưa được khấu trừ hết, doanh nghiệp vẫn được xem xét khấu trừ hoặc hoàn thuế theo đúng các quy định pháp luật về thuế GTGT có hiệu lực trước thời điểm Luật số 71/2014/QH13 áp dụng.

3. Quy trình phối hợp và trách nhiệm của cơ quan hải quan

• Tổng cục Hải quan yêu cầu Cục Hải quan các tỉnh, thành phố chỉ đạo các Chi cục Hải quan trực thuộc thực hiện kiểm tra, rà soát kỹ lưỡng hồ sơ hải quan, chứng từ nộp thuế của doanh nghiệp để đảm bảo việc hoàn thuế, không thu thuế được thực hiện chính xác, đúng đối tượng và đúng quy định pháp luật.
• Trong quá trình thực hiện, nếu phát sinh các trường hợp vướng mắc vượt quá thẩm quyền giải quyết, các đơn vị hải quan địa phương phải kịp thời báo cáo về Tổng cục Hải quan để được hướng dẫn, chỉ đạo xử lý thống nhất trên phạm vi cả nước.

Hiệu lực thi hành của văn bản

Công văn 09/TCHQ-TXNK có hiệu lực áp dụng ngay từ ngày ban hành (ngày 05 tháng 01 năm 2015). Các nội dung hướng dẫn tại công văn này được áp dụng thống nhất cho các tờ khai hải quan phát sinh từ ngày 01 tháng 01 năm 2015 nhằm đảm bảo tính đồng bộ với hiệu lực của Luật số 71/2014/QH13.