Công văn 1069/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành năm 2015 là văn bản hướng dẫn quan trọng về nghiệp vụ kê khai và nộp thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các doanh nghiệp có mô hình hoạt động đặc thù, cụ thể là trường hợp doanh nghiệp có các đơn vị sản xuất trực thuộc (chi nhánh, nhà máy) hạch toán phụ thuộc đóng tại địa bàn tỉnh, thành phố khác với nơi đặt trụ sở chính.

Dưới đây là tóm tắt chi tiết và phân tích chuyên sâu các nội dung cốt lõi của Công văn 1069/TCT-CS nhằm giúp người nộp thuế và cơ quan thuế địa phương thực hiện đúng quy định pháp luật:

- Nguyên tắc kê khai thuế GTGT đối với cơ sở sản xuất trực thuộc hạch toán phụ thuộc

• Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc hạch toán phụ thuộc là cơ sở sản xuất (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) đóng tại địa phương khác tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương với nơi đóng trụ sở chính, nhưng không trực tiếp bán hàng và không phát sinh doanh thu thì thực hiện kê khai thuế tập trung tại trụ sở chính.
• Mặc dù kê khai tập trung tại trụ sở chính, doanh nghiệp vẫn phải thực hiện nghĩa vụ nộp thuế GTGT cho địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc theo tỷ lệ quy định để đảm bảo nguồn thu ngân sách cho các địa phương này.
• Trường hợp cơ sở trực thuộc có con dấu riêng, tài khoản tiền gửi ngân hàng riêng, trực tiếp bán hàng hóa, dịch vụ, kê khai đầy đủ thuế GTGT đầu vào, đầu ra và có nhu cầu kê khai nộp thuế riêng thì phải đăng ký nộp thuế riêng và sử dụng hóa đơn riêng theo quy định.

- Phương pháp xác định số thuế GTGT phải nộp tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất

• Số thuế GTGT mà trụ sở chính phải nộp cho địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc được xác định theo tỷ lệ phần trăm (%) trên doanh thu theo giá chưa có thuế GTGT của sản phẩm sản xuất ra hoặc sản phẩm cùng loại tại địa phương đó.
• Tỷ lệ phần trăm (%) để tính số thuế GTGT phải nộp được quy định cụ thể như sau:
  • Đối với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất thuế GTGT 10%: Tỷ lệ nộp là 2% trên doanh thu của sản phẩm sản xuất ra.
  • Đối với hàng hóa, dịch vụ chịu thuế suất thuế GTGT 5%: Tỷ lệ nộp là 1% trên doanh thu của sản phẩm sản xuất ra.
• Doanh thu của sản phẩm sản xuất ra được xác định dựa trên giá thành sản phẩm hoặc giá bán của sản phẩm cùng loại do cơ sở sản xuất cung cấp, chưa bao gồm thuế GTGT.

- Thủ tục kê khai và phân bổ số thuế GTGT phải nộp

• Doanh nghiệp (trụ sở chính) thực hiện lập hồ sơ khai thuế GTGT gửi cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở chính.
• Hồ sơ khai thuế phải kèm theo Bảng phân bổ số thuế GTGT phải nộp cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc không thực hiện hạch toán kế toán.
• Căn cứ vào số thuế GTGT phải nộp đã được phân bổ trên Bảng phân bổ, doanh nghiệp lập chứng từ nộp tiền vào ngân sách nhà nước để nộp thuế tại địa phương nơi có trụ sở chính và các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc.
• Kho bạc Nhà nước nơi nhận chứng từ nộp thuế của doanh nghiệp có trách nhiệm hạch toán thu ngân sách cho từng địa phương tương ứng với số thuế được phân bổ.

- Xử lý trường hợp số thuế GTGT đầu vào lớn hơn số thuế GTGT đầu ra

• Nếu tổng số thuế GTGT phải nộp xác định tại trụ sở chính (bao gồm cả hoạt động sản xuất của các đơn vị trực thuộc) nhỏ hơn tổng số thuế GTGT được phân bổ cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất, doanh nghiệp chỉ phải nộp thuế bằng đúng số thuế GTGT phải nộp tại trụ sở chính.
• Số thuế GTGT chênh lệch thiếu sẽ được phân bổ giảm trừ tương ứng cho các địa phương theo tỷ lệ đóng góp của từng cơ sở sản xuất.
• Trường hợp doanh nghiệp không phát sinh số thuế GTGT phải nộp tại trụ sở chính (do số thuế đầu vào lớn hơn số thuế đầu ra, hoặc thuộc trường hợp được hoàn thuế) thì doanh nghiệp không phải nộp thuế GTGT cho các địa phương nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc.

- Trách nhiệm phối hợp giữa các cơ quan thuế địa phương

• Cơ quan thuế quản lý trực tiếp trụ sở chính có trách nhiệm kiểm tra, giám sát việc kê khai, phân bổ và nộp thuế của doanh nghiệp, đồng thời thông báo cho cơ quan thuế nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc về số thuế đã nộp của doanh nghiệp.
• Cơ quan thuế nơi có cơ sở sản xuất trực thuộc có quyền đôn đốc, yêu cầu doanh nghiệp cung cấp thông tin về tình hình sản xuất, doanh thu sản phẩm để đối chiếu và đảm bảo việc nộp thuế đúng, đủ theo quy định của pháp luật.

Tóm lại, Công văn 1069/TCT-CS năm 2015 đã tháo gỡ các vướng mắc thực tế cho doanh nghiệp trong việc phân bổ nghĩa vụ thuế GTGT giữa trụ sở chính và các cơ sở sản xuất trực thuộc khác tỉnh, đảm bảo tính minh bạch, công bằng trong phân chia nguồn thu ngân sách giữa các địa phương và giảm thiểu rủi ro pháp lý cho người nộp thuế.