Công văn 1227/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện chính sách miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tạo tài sản cố định của các dự án ưu đãi đầu tư. Văn bản này giúp thống nhất cách áp dụng pháp luật thuế giữa cơ quan hải quan địa phương và doanh nghiệp, đảm bảo thực hiện đúng tinh thần của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và các nghị định hướng dẫn thi hành.

Dưới đây là tóm tắt chi tiết các nội dung cốt lõi và hướng dẫn xử lý vướng mắc được đề cập trong văn bản:

- Điều kiện và đối tượng được hưởng ưu đãi miễn thuế nhập khẩu tạo tài sản cố định

• Hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án đầu tư thuộc ngành nghề ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư được miễn thuế nhập khẩu theo quy định pháp luật hiện hành.
• Dự án phải được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc quyết định chủ trương đầu tư, trong đó xác định rõ quyền hưởng ưu đãi đầu tư theo quy định của Luật Đầu tư.
• Hàng hóa nhập khẩu phải đáp ứng các tiêu chuẩn về tài sản cố định theo quy định của pháp luật về kế toán và quản lý tài sản của doanh nghiệp.

- Thủ tục đăng ký và sửa đổi Danh mục hàng hóa miễn thuế (DMMT)

• Chủ đầu tư dự án có trách nhiệm thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế với cơ quan hải quan trước khi thực hiện thủ tục nhập khẩu lô hàng đầu tiên của danh mục.
• Hồ sơ đăng ký phải thể hiện rõ số lượng, chủng loại hàng hóa phù hợp với luận chứng kinh tế - kỹ thuật và quy mô của dự án đầu tư.
• Trường hợp có sự thay đổi về thiết kế, công nghệ hoặc quy mô dự án dẫn đến thay đổi nhu cầu nhập khẩu, doanh nghiệp phải thực hiện thủ tục sửa đổi, bổ sung Danh mục miễn thuế trước thời điểm nhập khẩu hàng hóa đó.

- Xử lý thuế khi chuyển nhượng dự án hoặc thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa

• Trường hợp doanh nghiệp chuyển nhượng toàn bộ hoặc một phần dự án ưu đãi đầu tư cho tổ chức khác, nếu tổ chức nhận chuyển nhượng tiếp tục thực hiện dự án thì được kế thừa quyền ưu đãi miễn thuế đối với tài sản cố định đã nhập khẩu.
• Nếu doanh nghiệp thay đổi mục đích sử dụng hàng hóa đã được miễn thuế (như thanh lý, bán trong nội địa, cho thuê, mượn hoặc chuyển sang dự án khác không được ưu đãi), doanh nghiệp phải thực hiện kê khai và nộp đủ thuế nhập khẩu theo trị giá và thuế suất tại thời điểm thay đổi mục đích sử dụng.
• Việc kê khai thay đổi mục đích sử dụng phải được thực hiện chủ động với cơ quan hải quan trước khi thực hiện hành vi thay đổi trên thực tế.

- Công tác kiểm tra, giám sát của cơ quan Hải quan

• Cơ quan hải quan nơi đăng ký Danh mục miễn thuế có trách nhiệm theo dõi, thực hiện trừ lùi số lượng hàng hóa nhập khẩu thực tế của doanh nghiệp theo đúng danh mục đã phê duyệt.
• Tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan tại trụ sở doanh nghiệp để xác định việc lắp đặt, sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế có đúng mục đích tạo tài sản cố định của dự án ưu đãi đầu tư hay không.
• Xử lý nghiêm các hành vi lợi dụng chính sách ưu đãi để nhập khẩu hàng hóa không đúng đối tượng, tự ý chuyển nhượng hoặc tẩu tán hàng hóa miễn thuế ra thị trường tự do mà không kê khai nộp thuế với cơ quan hải quan.