Ngày 14 tháng 01 năm 2015, Tổng cục Hải quan đã ban hành Công văn số 296/TCHQ-KTSTQ hướng dẫn về việc phân loại và xử lý thuế đối với mặt hàng phân bón NPK nhập khẩu. Công văn này được ban hành nhằm giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện thủ tục hải quan, áp mã số hàng hóa và áp dụng chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) mới đối với mặt hàng phân bón hỗn hợp NPK.

Văn bản áp dụng đối với các Cục Hải quan tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, các Chi cục Kiểm tra sau thông quan, cùng các tổ chức, doanh nghiệp thực hiện hoạt động nhập khẩu và kinh doanh mặt hàng phân bón NPK tại Việt Nam.

• Mặt hàng phân bón hỗn hợp NPK (chứa ba nguyên tố dinh dưỡng gồm nitơ, phốt pho và kali) phải được phân loại chính xác vào nhóm 31.05 của Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam.
• Mã số HS chi tiết thường được áp dụng cho mặt hàng này là 3105.20.00 (Phân khoáng hoặc phân hóa học chứa ba nguyên tố cấu thành là nitơ, phốt pho và kali).
• Việc xác định mã số HS phải căn cứ vào thực tế hàng hóa nhập khẩu, tài liệu kỹ thuật của nhà sản xuất, kết quả phân tích, giám định của các cơ quan chức năng để đảm bảo tính đồng bộ, chính xác và thống nhất trên toàn quốc.

• Theo quy định tại Luật số 71/2014/QH13 sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế (có hiệu lực thi hành từ ngày 01/01/2015), mặt hàng phân bón thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT ở khâu nhập khẩu cũng như khâu kinh doanh thương mại nội địa.
• Tổng cục Hải quan yêu cầu các đơn vị hải quan địa phương rà soát toàn bộ các tờ khai hải quan đăng ký từ ngày 01/01/2015 để áp dụng đúng chính sách không chịu thuế GTGT đối với mặt hàng phân bón NPK.
• Đối với các trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế GTGT cho mặt hàng phân bón nhập khẩu từ ngày 01/01/2015 trở đi, cơ quan hải quan có trách nhiệm hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện thủ tục hoàn trả hoặc bù trừ tiền thuế nộp thừa theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế.

• Tổng cục Hải quan chỉ đạo lực lượng Kiểm tra sau thông quan tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra đối với các doanh nghiệp nhập khẩu phân bón nhằm phát hiện và ngăn chặn kịp thời các hành vi khai sai mã số HS hoặc khai sai bản chất hàng hóa để trục lợi chính sách thuế.
• Trường hợp phát hiện doanh nghiệp khai báo không đúng chủng loại phân bón hoặc cố tình gian lận thương mại, cơ quan hải quan sẽ tiến hành ấn định thuế, truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính nghiêm minh theo quy định của pháp luật.
• Các Cục Hải quan địa phương có trách nhiệm tổng hợp và báo cáo kịp thời về Tổng cục Hải quan những vướng mắc phát sinh vượt thẩm quyền trong quá trình thực hiện phân loại và áp dụng chính sách thuế đối với mặt hàng này để được hướng dẫn giải quyết.

Công văn số 296/TCHQ-KTSTQ có hiệu lực thi hành kể từ ngày ký (ngày 14 tháng 01 năm 2015). Các nội dung hướng dẫn tại văn bản này được áp dụng thống nhất cho các tờ khai hải quan phát sinh liên quan đến mặt hàng phân bón NPK từ thời điểm Luật số 71/2014/QH13 có hiệu lực.