Giới thiệu về Công văn 3406/TCT-KK năm 2017

Công văn 3406/TCT-KK được Tổng cục Thuế ban hành năm 2017 nhằm hướng dẫn xử lý các vướng mắc liên quan đến việc hoàn trả tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) khâu nhập khẩu do người nộp thuế nộp nhầm, nộp thừa. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp thống nhất quy trình phối hợp giữa cơ quan Thuế và cơ quan Hải quan, đảm bảo quyền lợi cho doanh nghiệp và tránh thất thoát ngân sách nhà nước.

Thẩm quyền giải quyết hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa

• Cơ quan Hải quan nơi người nộp thuế đăng ký tờ khai hải quan có thẩm quyền tiếp nhận hồ sơ, kiểm tra và ra quyết định hoàn trả số tiền thuế GTGT khâu nhập khẩu nộp nhầm, nộp thừa cho doanh nghiệp.
• Việc xác định số tiền thuế nộp thừa được thực hiện theo các quy định của pháp luật về quản lý thuế và pháp luật về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu hiện hành.

Nguyên tắc phối hợp giữa cơ quan Thuế và cơ quan Hải quan

• Để tránh việc hoàn thuế trùng lặp (người nộp thuế vừa được hoàn tại cơ quan Hải quan vừa được khấu trừ hoặc hoàn thuế tại cơ quan Thuế), hai cơ quan phải thực hiện đối chiếu, trao đổi thông tin chặt chẽ.
• Cơ quan Hải quan chỉ thực hiện hoàn trả tiền thuế GTGT nộp thừa khâu nhập khẩu sau khi đã xác định người nộp thuế chưa kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế tại cơ quan Thuế quản lý trực tiếp.

Trách nhiệm của người nộp thuế

• Người nộp thuế có nghĩa vụ tự rà soát hệ thống sổ sách kế toán và tờ khai thuế GTGT đã nộp cho cơ quan Thuế trực tiếp quản lý.
• Trường hợp người nộp thuế đã kê khai, khấu trừ số thuế GTGT khâu nhập khẩu nộp thừa vào tờ khai thuế GTGT tại cơ quan Thuế thì không được cơ quan Hải quan hoàn trả trực tiếp. Người nộp thuế phải thực hiện kê khai điều chỉnh, bổ sung giảm số thuế đã khấu trừ trước khi thực hiện các thủ tục hoàn thuế tại cơ quan Hải quan.
• Trường hợp chưa kê khai, khấu trừ tại cơ quan Thuế, người nộp thuế chuẩn bị hồ sơ đề nghị hoàn trả gửi đến cơ quan Hải quan để được giải quyết theo đúng quy định.

Quy trình xử lý đối với các khoản thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa

• Xác định khoản thuế nộp thừa: Người nộp thuế đối chiếu chứng từ nộp tiền với tờ khai hải quan để xác định chính xác số tiền thuế GTGT đã nộp nhầm hoặc nộp thừa ở khâu nhập khẩu.
• Gửi văn bản đề nghị: Doanh nghiệp lập hồ sơ đề nghị hoàn trả gửi cơ quan Hải quan nơi mở tờ khai.
• Xác minh thông tin liên thông: Cơ quan Hải quan phối hợp với cơ quan Thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp để kiểm tra trạng thái kê khai, khấu trừ của khoản thuế này trên hệ thống dữ liệu thuế nội địa.
• Ra quyết định hoàn trả: Nếu đủ điều kiện và không có sự trùng lặp trong việc khấu trừ thuế, cơ quan Hải quan ban hành quyết định hoàn thuế và thực hiện hoàn trả tiền cho doanh nghiệp thông qua Kho bạc Nhà nước.