Công văn 3551/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn về việc khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào đối với hàng hóa bị tổn thất trong quá trình sản xuất, kinh doanh. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp các doanh nghiệp xác định rõ điều kiện, hồ sơ và thủ tục để thực hiện kê khai, khấu trừ thuế GTGT đối với các phần hàng hóa bị hư hỏng, hao hụt do các nguyên nhân khách quan hoặc chủ quan.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có phát sinh hàng hóa bị tổn thất trong quá trình lưu kho, vận chuyển, sản xuất hoặc kinh doanh do thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ, hao hụt tự nhiên hoặc bị hư hỏng do hết hạn sử dụng phải tiêu hủy.

• Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa bị tổn thất do thiên tai, hỏa hoạn, tai nạn bất ngờ, hoặc do thay đổi sinh lý hóa tự nhiên trong quá trình vận chuyển, lưu kho được khấu trừ nếu không được bồi thường.
• Trường hợp hàng hóa bị tổn thất đã được các tổ chức, cá nhân khác bồi thường (như cơ quan bảo hiểm bồi thường, cá nhân gây ra thiệt hại bồi thường) thì phần thuế GTGT đầu vào tương ứng với giá trị được bồi thường không được tính khấu trừ.
• Doanh nghiệp phải tự xác định, phân bổ chính xác phần giá trị tổn thất được bồi thường và phần không được bồi thường để thực hiện kê khai, điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đúng quy định pháp luật.

Để có cơ sở khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hàng hóa bị tổn thất, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ bộ hồ sơ chứng minh theo quy định, bao gồm:

• Biên bản xác định giá trị hàng hóa bị tổn thất do doanh nghiệp tự lập, trong đó nêu rõ nguyên nhân tổn thất, mức độ thiệt hại và danh mục chi tiết hàng hóa bị hư hỏng.
• Văn bản xác nhận của cơ quan chức năng có thẩm quyền phù hợp với nguyên nhân tổn thất (ví dụ: xác nhận của cơ quan phòng cháy chữa cháy đối với hỏa hoạn; xác nhận của chính quyền địa phương hoặc cơ quan khí tượng thủy văn đối với thiên tai, bão lụt).
• Hợp đồng bảo hiểm, biên bản giám định tổn thất và thông báo bồi thường của đơn vị bảo hiểm (nếu hàng hóa có tham gia bảo hiểm).
• Quyết định xử lý trách nhiệm và hồ sơ bồi thường thiệt hại đối với các cá nhân, tổ chức làm mất mát, hư hỏng hàng hóa (nếu do lỗi chủ quan của bên thứ ba).
• Hóa đơn, chứng từ mua vào hợp pháp của số hàng hóa bị tổn thất để chứng minh số thuế GTGT đầu vào đã kê khai.

• Đối với các loại hàng hóa bị hư hỏng, hết hạn sử dụng buộc phải tiêu hủy, doanh nghiệp được khấu trừ thuế GTGT đầu vào nếu có đầy đủ hồ sơ tiêu hủy hợp pháp và chứng minh được hàng hóa đó phục vụ cho hoạt động sản xuất kinh doanh trước khi bị hỏng.
• Hồ sơ tiêu hủy phải bao gồm: Quyết định tiêu hủy của ban lãnh đạo doanh nghiệp; Biên bản kiểm kê hàng hóa hư hỏng, hết hạn sử dụng; Biên bản tiêu hủy có chữ ký của các thành viên ban tiêu hủy và các bên liên quan; Chứng từ chi phí tiêu hủy (nếu có).

Công văn 3551/TCT-CS có hiệu lực hướng dẫn kể từ ngày ban hành. Các doanh nghiệp cần đối chiếu thực tế phát sinh tại đơn vị mình với các quy định tại Thông tư số 219/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính để thực hiện kê khai, điều chỉnh thuế GTGT đầu vào một cách chính xác, tránh rủi ro bị truy thu và xử phạt vi phạm hành chính về thuế.