Công văn 3997/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành năm 2020 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm thống nhất việc phân loại mã số HS và áp dụng chính sách thuế đối với mặt hàng hạt giống nhập khẩu. Văn bản này giải quyết các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp và cơ quan hải quan địa phương trong việc phân biệt hạt giống dùng để gieo cấy với các loại hạt dùng cho mục đích tiêu dùng hoặc chế biến.

- Nguyên tắc phân loại mã số HS đối với hạt giống nhập khẩu

• Việc xác định mã số HS đối với mặt hàng hạt giống phải căn cứ vào Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu Việt Nam, Chú giải chi tiết Danh mục HS và các quy tắc giải thích phân loại hàng hóa.
• Các loại hạt thực vật được xác định là hạt giống dùng để gieo cấy, nhân giống thường được phân loại vào nhóm 12.09 (Hạt, quả và bào tử, loại dùng để gieo cấy), trừ một số trường hợp có quy định định danh riêng biệt tại các nhóm khác trong Biểu thuế.
• Doanh nghiệp nhập khẩu có nghĩa vụ cung cấp đầy đủ tài liệu kỹ thuật, chứng nhận chất lượng và các giấy tờ pháp lý liên quan để chứng minh hàng hóa nhập khẩu thực tế đáp ứng tiêu chuẩn làm hạt giống gieo cấy.

- Chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hạt giống

• Theo quy định của pháp luật về thuế GTGT, sản phẩm trồng trọt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường, bao gồm cả hạt giống cây trồng, ở khâu nhập khẩu thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.
• Để được áp dụng chính sách không chịu thuế GTGT tại khâu nhập khẩu, doanh nghiệp phải xuất trình Giấy phép nhập khẩu hạt giống cây trồng hoặc Giấy xác nhận kết quả kiểm tra nhà nước về chất lượng hạt giống nhập khẩu do cơ quan có thẩm quyền thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn cấp.
• Trường hợp hạt nhập khẩu không có đủ giấy tờ chứng minh mục đích dùng làm giống gieo cấy, hoặc được nhập khẩu để sử dụng làm nguyên liệu chế biến thực phẩm, thức ăn chăn nuôi thì không được hưởng chính sách miễn thuế GTGT dành cho hạt giống và phải nộp thuế GTGT theo mức thuế suất quy định cho mặt hàng tiêu dùng thông thường.

- Trách nhiệm của người khai hải quan và cơ quan hải quan

• Người khai hải quan phải thực hiện khai báo trung thực, chính xác tên hàng, mã số HS, mục đích sử dụng và xuất trình đầy đủ hồ sơ, chứng từ hợp lệ theo quy định của pháp luật hải quan.
• Cơ quan hải quan nơi làm thủ tục có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu thông tin khai báo của doanh nghiệp với hồ sơ thực tế và các chứng từ quản lý chuyên ngành.
• Trong trường hợp phát hiện có sự nghi ngờ về tính chính xác của việc khai báo mã số hoặc mục đích sử dụng, cơ quan hải quan sẽ thực hiện lấy mẫu phân tích, trưng cầu giám định hoặc phối hợp với cơ quan quản lý chuyên ngành nông nghiệp để xác định rõ bản chất hàng hóa và áp dụng chính sách thuế đúng quy định, tránh thất thu ngân sách nhà nước.