Trả lời công văn số 7357/CCT-KTT1 ngày 31/8/2015 của Chi cục Thuế Quận Bình Thạnh, công văn số 4250/CT-TTr ngày 14/8/2015 của Cục Thuế tỉnh Bình Thuận v/v báo cáo kết quả xử lý về hành vi vi phạm về thuế GTGT của Công ty TNHH An Hạ Bình Thuận và công văn số 04/15/CV ngày 27/7/2015 của Công ty TNHH An Hạ Bình Thuận về việc kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào, sau khi báo cáo và được sự đồng ý của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Về khấu trừ thuế GTGT của Công ty TNHH An Hạ Bình Thuận:

Căn cứ Khoản 5 Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính quy định:

“…

Doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản, hải sản chưa qua chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Trên hóa đơn GTGT, ghi dòng giá bán là giá không có thuế GTGT, dòng thuế suất và thuế GTGT không ghi, gạch bỏ.

…

Trường hợp sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa qua chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, hợp tác xã đã lập hóa đơn kê khai, tính thuế GTGT thì người bán và người mua phải điều chỉnh hóa đơn để không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo hướng dẫn tại khoản này...”

Tại Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC nêu trên quy định:

“Trường hợp hóa đơn ghi sai mức thuế suất thuế giá trị gia tăng mà các cơ sở kinh doanh chưa tự điều chỉnh, cơ quan thuế kiểm tra, phát hiện thì xử lý như sau:

Đối với cơ sở kinh doanh mua hàng hóa, dịch vụ: Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hóa đơn mua vào cao hơn thuế suất đã được quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT. Trường hợp xác định được bên bán đã kê khai, nộp thuế theo đúng thuế suất ghi trên hóa đơn thì được khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất ghi trên hóa đơn nhưng phải có xác nhận của cơ quan thuế trực tiếp quản lý người bán; Nếu thuế suất thuế GTGT ghi trên hóa đơn thấp hơn thuế suất quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế GTGT thì khấu trừ thuế đầu vào theo thuế suất ghi trên hóa đơn.”

Bộ Tài chính đã có công văn số 11604/BTC-TCT ngày 19/8/2014, tại công văn này cũng đã nhắc lại nội dung của công văn số 5165/BTC-TCHQ ngày 21/4/2014 và công văn số 7062/BTC-TCT ngày 29/5/2014 hướng dẫn về thuế GTGT:

“…

Theo đó, sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường (bao gồm cả tấm, cám, trấu được tạo ra từ quá trình xay xát thóc hoặc xay xát lúa mì) dùng làm thức ăn chăn nuôi hoặc nguyên liệu để sản xuất thức ăn chăn nuôi không chịu thuế GTGT và không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT ở khâu kinh doanh thương mại theo hướng dẫn tại Khoản 1 Điều 4 và Khoản 5 Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính.

…”

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp Công ty TNHH An Hạ Bình Thuận ký hợp đồng mua củ mỳ tươi của Công ty TNHH Điền Nguyên Trang trụ sở tại TP.HCM để chế biến tinh bột mỳ xuất khẩu, Công ty TNHH Điền Nguyên Trang đã lập hóa đơn cho Công ty TNHH An Hạ Bình Thuận theo thuế suất thuế GTGT 10% và 5%, Công ty TNHH An Hạ Bình Thuận có chứng từ thanh toán hàng hóa mua vào qua ngân hàng, Công ty TNHH Điền Nguyên Trang đã thực hiện kê khai nộp thuế GTGT đầy đủ đối với mặt hàng củ mỳ tươi thì đề nghị Cục Thuế tỉnh Bình Thuận xem xét, giải quyết cho Công ty TNHH An Hạ Bình Thuận được khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT đầu vào theo thuế suất ghi trên hóa đơn mua hàng do Công ty TNHH Điền Nguyên Trang lập.

2. Về kiểm tra người bán là Công ty TNHH Điền Nguyên Trang:

Liên quan đến tăng cường quản lý thuế đối với các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế, Bộ Tài chính có công văn số 1752/BTC-TCT ngày 10/02/2014;

Liên quan đến kiểm tra hoàn thuế GTGT, Bộ Tài chính ban hành công văn số 9976/BTC-TCT ngày 31/7/2013;

Công ty TNHH Điền Nguyên Trang (người bán hàng cho Công ty TNHH An Hạ Bình Thuận) là doanh nghiệp có dấu hiệu nghi vấn như đã nêu tại công 9976/BTC-TCT ngày 31/7/2013: cụ thể là doanh nghiệp kinh doanh thương mại không có cơ sở vật chất (nhà máy, xưởng sản xuất, kho hàng, phương tiện vận tải, hệ thống các cửa hàng, ...); Lập doanh nghiệp ở địa phương này nhưng kinh doanh mua, bán sản phẩm, hàng hóa (nhất là hàng hóa nông sản) sản xuất ở địa phương khác.

Do đó, đề nghị Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh thanh tra toàn diện Công ty TNHH Điền Nguyên Trang để xác định nghĩa vụ thuế theo quy định, kiểm tra, xác minh rõ nguồn gốc các hóa đơn đầu vào tương ứng với hóa đơn đầu ra mà Công ty TNHH Điền Nguyên Trang đã lập cho Công ty TNHH An Hạ Bình Thuận với thuế suất thuế GTGT là 10% và thuế suất thuế GTGT 5%. Trường hợp người bán cho Công ty TNHH Điền Nguyên Trang tại địa bàn thành phố Hồ Chí Minh thì Cục Thuế tiếp tục kiểm tra, xác minh hóa đơn xuất bán cho Công ty TNHH Điền Nguyên Trang, trường hợp ở các địa bàn khác thì Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh có trách nhiệm phối hợp với Cục Thuế địa phương để xác minh nguồn gốc hóa đơn và việc kê khai nộp thuế của doanh nghiệp bán cho Công ty TNHH Điền Nguyên Trang.

Về kết quả thanh tra, đề nghị Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh báo cáo về Tổng cục Thuế và gửi cho Cục Thuế tỉnh Bình Thuận để phối hợp thực hiện.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh, Cục Thuế tỉnh Bình Thuận và Công ty TNHH An Hạ Bình Thuận được biết./.