Công văn 4765/TCHQ-KTTT được ban hành bởi Tổng cục Hải quan nhằm giải quyết và tháo gỡ các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện chính sách thuế Giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa xuất nhập khẩu. Văn bản này đóng vai trò quan trọng trong việc thống nhất cách hiểu và áp dụng pháp luật thuế giữa cơ quan hải quan các cấp và cộng đồng doanh nghiệp.

Phạm vi và đối tượng áp dụng: Văn bản áp dụng đối với các Cục Hải quan tỉnh, thành phố, các Chi cục Hải quan cửa khẩu trên toàn quốc, cùng các tổ chức, doanh nghiệp thực hiện hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa gặp vướng mắc về nghĩa vụ kê khai, tính thuế và hoàn thuế giá trị gia tăng.

Xác định thuế suất thuế giá trị gia tăng đối với hàng hóa nhập khẩu đặc thù

• Hướng dẫn chi tiết cách áp dụng mức thuế suất thuế GTGT đối với các nhóm mặt hàng có tính chất đặc thù như thiết bị y tế chuyên dùng, sản phẩm nông nghiệp chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường, và các mặt hàng thuộc diện ưu đãi thuế theo quy định của pháp luật.
• Yêu cầu người nộp thuế phải xuất trình đầy đủ hồ sơ, chứng từ, giấy phép hoặc văn bản xác nhận của Bộ quản lý chuyên ngành để làm cơ sở áp dụng mức thuế suất ưu đãi (ví dụ như mức thuế suất 5% đối với trang thiết bị y tế).
• Trường hợp hàng hóa nhập khẩu không đồng bộ hoặc không đủ điều kiện áp dụng thuế suất ưu đãi thì phải kê khai và nộp thuế theo mức thuế suất phổ thông 10%.

Xử lý vướng mắc về hoàn thuế giá trị gia tăng nộp thừa tại khâu nhập khẩu

• Quy định rõ trình tự, thủ tục và thẩm quyền giải quyết hoàn trả tiền thuế GTGT nộp thừa cho doanh nghiệp trong các trường hợp: hàng hóa nhập khẩu nhưng phải tái xuất trả lại chủ hàng nước ngoài, hàng hóa bị hư hỏng, mất mát trong quá trình vận chuyển được cơ quan có thẩm quyền xác nhận, hoặc do doanh nghiệp khai sai mã HS dẫn đến nộp thừa thuế.
• Làm rõ cơ chế phối hợp giữa cơ quan Hải quan (nơi phát sinh số thuế nộp thừa) và cơ quan Thuế nội địa (nơi doanh nghiệp kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào) để đảm bảo việc hoàn thuế được thực hiện chính xác, tránh tình trạng hoàn trùng hoặc trục lợi chính sách thuế.

Chính sách thuế giá trị gia tăng đối với doanh nghiệp chế xuất (DNCX)

• Hướng dẫn cụ thể về nghĩa vụ thuế GTGT đối với quan hệ mua bán, trao đổi hàng hóa giữa thị trường nội địa và doanh nghiệp chế xuất, cũng như hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của DNCX.
• Xác định các điều kiện để hàng hóa, dịch vụ cung cấp cho DNCX được áp dụng thuế suất 0%, bao gồm yêu cầu về hợp đồng xuất khẩu, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt qua ngân hàng và tờ khai hải quan đã thông quan theo đúng quy định.

Tăng cường công tác kiểm tra, giám sát và xử lý vi phạm

• Yêu cầu các Cục Hải quan địa phương đẩy mạnh công tác kiểm tra sau thông quan, thanh tra chuyên ngành đối với việc áp dụng thuế suất thuế GTGT của các doanh nghiệp trên địa bàn quản lý nhằm kịp thời phát hiện các hành vi gian lận, khai sai mã số, khai sai thuế suất để trốn thuế.
• Hướng dẫn áp dụng các biện pháp xử phạt vi phạm hành chính về thuế và tính tiền chậm nộp đối với các trường hợp kê khai không đúng quy định, đảm bảo tính nghiêm minh của pháp luật và chống thất thu ngân sách nhà nước.

Hiệu lực thi hành: Công văn 4765/TCHQ-KTTT có hiệu lực hướng dẫn thực hiện ngay từ ngày ban hành. Các hướng dẫn tại văn bản này được áp dụng thống nhất tại tất cả các đơn vị hải quan trên toàn quốc. Trong quá trình thực hiện, nếu phát sinh vướng mắc vượt quá thẩm quyền, các Cục Hải quan địa phương có trách nhiệm tổng hợp và báo cáo kịp thời về Tổng cục Hải quan để được xem xét, giải quyết.