Công văn 5117/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành hướng dẫn chi tiết về việc kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa ở khâu nhập khẩu. Đây là văn bản chỉ đạo nghiệp vụ quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc phát sinh cho doanh nghiệp và cơ quan hải quan địa phương trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế và hoàn thuế.

Theo nội dung hướng dẫn, việc kê khai và khấu trừ thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu phải đảm bảo tuân thủ các điều kiện cốt lõi sau:

• Doanh nghiệp phải có chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu hợp pháp. Chứng từ này bao gồm biên lai nộp thuế hoặc chứng từ nộp tiền vào ngân sách nhà nước, thể hiện rõ số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu.
• Thông tin trên chứng từ nộp thuế phải khớp đúng với thông tin trên tờ khai hải quan và các chứng từ thương mại liên quan.
• Hàng hóa nhập khẩu phải được sử dụng trực tiếp cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT của doanh nghiệp.
• Đối với trường hợp nộp thay thuế GTGT cho nhà thầu nước ngoài, doanh nghiệp phải xuất trình đầy đủ chứng từ nộp thuế thay theo đúng quy định của pháp luật về thuế nhà thầu.

Công văn đưa ra giải pháp cụ thể đối với các trường hợp sai sót thông tin hoặc có sự thay đổi về số thuế phải nộp:

• Trường hợp có sai sót nhỏ về mặt hành chính trên chứng từ nộp thuế (như sai sót về tên doanh nghiệp, địa chỉ hoặc mã số thuế do lỗi đánh máy nhưng không làm thay đổi bản chất của đối tượng nộp thuế), cơ quan hải quan phối hợp với cơ quan thuế để xác minh. Nếu xác định doanh nghiệp đã thực nộp thuế đầy đủ vào ngân sách nhà nước, doanh nghiệp vẫn được xem xét giải quyết khấu trừ thuế.
• Trường hợp doanh nghiệp thực hiện khai bổ sung sau thông quan dẫn đến biến động tăng hoặc giảm số thuế GTGT phải nộp, doanh nghiệp căn cứ vào tờ khai hải quan trị giá khai bổ sung và chứng từ nộp tiền thuế tăng thêm để thực hiện kê khai, khấu trừ bổ sung tại cơ quan thuế trực tiếp quản lý.

Để đảm bảo tính chính xác và ngăn chặn các hành vi gian lận thuế, văn bản nhấn mạnh cơ chế phối hợp liên ngành:

• Cơ quan Hải quan có trách nhiệm cung cấp thông tin, xác nhận trạng thái thông quan và việc thực nộp thuế của doanh nghiệp kịp thời khi nhận được yêu cầu xác minh từ phía cơ quan Thuế.
• Cơ quan Thuế thực hiện đối chiếu chặt chẽ chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu do doanh nghiệp xuất trình với dữ liệu trên hệ thống thông tin của ngành Hải quan trước khi phê duyệt hoàn thuế hoặc cho phép khấu trừ thuế đầu vào.

Công văn 5117/TCHQ-TXNK năm 2015 là căn cứ pháp lý quan trọng giúp chuẩn hóa quy trình kê khai, khấu trừ thuế GTGT khâu nhập khẩu, bảo vệ quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp, đồng thời nâng cao hiệu quả quản lý nhà nước về thuế và hải quan.