Trả lời 826/CT-KTT2 ngày 12/6/2014 của Cục Thuế tỉnh Long An; công văn số 1779/CT-HTr đề ngày 03/07/2014 của Cục Thuế tỉnh Phú Yên và công văn số 03CV-FT14 đề ngày 9/7/2014 của Công ty CP FOODTECH đề nghị hướng dẫn vướng mắc về kê khai khấu trừ thuế GTGT, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ, điểm 1.1, mục III, điểm 5.6, mực IV Phần B; điểm 2, mục I, điểm 2.10 mục II Phần C; Thông tư số 32/2007/TT-BTC ngày 09/4/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 148/2004/NĐ-CP ngày 23/7/2004 và Nghị định số 156/2005/NĐ-CP ngày 15/12/2005 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế giá trị gia tăng và Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế giá trị gia tăng.

Khoản 1.3 Phần II Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính quy định: "Trường hợp người nộp thuế có đơn vị trực thuộc kinh doanh ở địa phương cấp tỉnh khác nơi người nộp thuế có trụ sở chính thì đơn vị trực thuộc nộp hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp của đơn vị trực thuộc; nếu đơn vị trực thuộc không trực tiếp bán hàng, không phát sinh doanh thu thì thực hiện khai thuế tập trung tại trụ sở chính của người nộp thuế. "

Điểm 1 Phần D Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng và hướng dẫn thi hành Nghị định số 123/2008/NĐ-CP ngày 08/12/2008 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT; điểm d, khoản 1 Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính quy định: " Cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc có hạch toán kế toán thì phải đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ tại địa phương nơi sản xuất, khi xuất bán thành phẩm hoặc thành phẩm, kể cả xuất cho trụ sở chính phải sử dụng hóa đơn GTGT làm căn cứ kê khai, nộp thuế tại địa phương nơi sản xuất.

Trường hợp cơ sở sản xuất phụ thuộc không thực hiện hạch toán kế toán thì người nộp thuế tại trụ sở chính phải nộp thuế GTGT theo tỷ lệ 2% (đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế GTGT 10%) hoặc tỷ lệ 1% (đối với hàng hóa chịu thuế suất thuế GTGT 5%) trên doanh thu theo giá chưa thuế GTGT của sản phẩm sản xuất ra hoặc sản phẩm cùng loại tại địa phương nơi có cơ sở sản xuất. Số thuế GTGT người nộp thuế đã nộp cho cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc được trừ vào số thuế gtgt phải nộp của người nộp thuế tại địa phương nơi đóng trụ sở chính... "

1. Về việc kê khai, nộp thuế của Chi nhánh Công ty cổ phần Foodtech

Căn cứ quy định tại Thông tư số 32/2007/TT-BTC và Thông tư số 60/2007/TT-BTC nêu trên thì Chi nhánh Công ty CP Foodtech tại Phú Yên có hoạt động thu mua, lưu trữ, bảo quản, sơ chế nguyên liệu cho trụ sở chính và có doanh thu từ việc sản xuất phế liệu thành sản phẩm, có phát hành hoá đơn thì Chi nhánh thực hiện đăng ký kê khai, nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ tại Cục Thuế tỉnh Phú Yên là đúng quy định. Đối với số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết của Chi nhánh Công ty CP Foodtech tại Phú Yên đến hết 31/12/2013 và từ 01/01/2014 - 30/4/2014 thì Chi nhánh được chuyển về kê khai khấu trừ tại trụ sở chính. Đề nghị Cục Thuế tỉnh Phú Yên hướng dẫn Chi nhánh thực hiện theo đúng quy định pháp luật hiện hành ở những kỳ kê khai tiếp theo.

2. Về việc thực hiện hóa đơn, chứng từ của Chi nhánh Công ty CP Footech tại Phú Yên khi chuyển nguyên vật liệu đã qua sơ chế về trụ sở chính.

Căn cứ quy định nêu trên, từ năm 2008 đến trước 01/01/2009 việc sử dụng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ cho hoạt động chuyển nguyên vật liệu đã qua sơ chế về trụ sở chính của Chi nhánh Công ty là phù hợp với các quy định tại thời điểm thực hiện.

Từ 01/01/2009, Chi nhánh đang thực hiện kê khai, nộp thuế theo phương pháp khấu trừ tại Phú Yên thì Chi nhánh phải sử dụng hóa đơn GTGT cho hoạt động chuyển nguyên vật liệu đã qua sơ chế về trụ sở chính. Trường hợp Chi nhánh không thực hiện sử dụng hóa đơn GTGT mà sử dụng phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ là chưa đúng quy định. Để giảm thủ tục hành chính, Chi nhánh Công ty không phải điều chỉnh lại đối với phiếu xuất kho kiêm vận chuyển nội bộ đã xuất. Giao Cục Thuế tỉnh Long An, Cục Thuế tỉnh Phú Yên phối hợp hướng dẫn Công ty, Chi nhánh Công ty thực hiện theo đúng các quy định hiện hành.