Công văn 5643/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành năm 2016 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng gửi đến các Cục Hải quan tỉnh, thành phố nhằm thống nhất quy trình thực hiện và giải quyết các vướng mắc liên quan đến chính sách miễn thuế đối với hàng hóa nhập khẩu. Văn bản tập trung làm rõ các quy định về đối tượng được hưởng ưu đãi, hồ sơ thủ tục và công tác kiểm tra sau thông quan đối với hàng hóa miễn thuế.

1. Đối tượng và điều kiện áp dụng ưu đãi miễn thuế nhập khẩu

Công văn hướng dẫn chi tiết các nhóm hàng hóa nhập khẩu được hưởng chính sách miễn thuế, đặc biệt là hàng hóa phục vụ cho các dự án ưu đãi đầu tư:

• Hàng hóa tạo tài sản cố định: Áp dụng cho các dự án thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư. Hàng hóa miễn thuế bao gồm máy móc, thiết bị, linh kiện, chi tiết, bộ phận rời đi kèm để lắp ráp hoặc sử dụng đồng bộ; phương tiện vận tải chuyên dùng trong dây chuyền công nghệ trong nước chưa sản xuất được.
• Nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu: Miễn thuế nhập khẩu trong thời hạn nhất định đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện trong nước chưa sản xuất được để phục vụ sản xuất của các dự án đầu tư thuộc danh mục đặc biệt khuyến khích đầu tư hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn.
• Hàng hóa phục vụ hoạt động dầu khí và nghiên cứu khoa học: Các thiết bị, tài liệu, mẫu vật phục vụ trực tiếp cho hoạt động tìm kiếm, thăm dò, phát triển mỏ dầu khí và phát triển công nghệ mà trong nước chưa đáp ứng được nhu cầu sản xuất.

2. Quy trình, thủ tục và hồ sơ đề nghị miễn thuế

Để đảm bảo tính minh bạch và tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế, Tổng cục Hải quan hướng dẫn cụ thể các bước thực hiện:

• Đăng ký Danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu miễn thuế: Chủ dự án đầu tư phải thực hiện thông báo Danh mục hàng hóa miễn thuế dự kiến nhập khẩu với cơ quan hải quan trước khi làm thủ tục hải quan cho lô hàng nhập khẩu đầu tiên.
• Hồ sơ miễn thuế khi làm thủ tục hải quan: Người khai hải quan nộp và xuất trình cho cơ quan hải quan nơi làm thủ tục các chứng từ bao gồm: Công văn đề nghị miễn thuế, Danh mục hàng hóa miễn thuế kèm phiếu theo dõi trừ lùi đã được cơ quan hải quan tiếp nhận, cùng các chứng từ thương mại liên quan.
• Địa điểm thực hiện thủ tục: Doanh nghiệp thực hiện đăng ký danh mục tại Cục Hải quan nơi quản lý dự án hoặc nơi có trụ sở chính để thuận tiện cho công tác quản lý và theo dõi trừ lùi số lượng hàng hóa thực tế nhập khẩu.

3. Công tác kiểm tra, giám sát và xử lý sau thông quan

Bên cạnh việc tạo thuận lợi cho doanh nghiệp, văn bản nhấn mạnh việc tăng cường quản lý nhà nước nhằm chống thất thu thuế và ngăn chặn hành vi trục lợi chính sách:

• Kiểm tra tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế: Cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra việc quản lý, sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế tại trụ sở của người nộp thuế nhằm xác định hàng hóa có được sử dụng đúng mục đích ưu đãi đã đăng ký hay không.
• Xử lý trường hợp thay đổi mục đích sử dụng: Trường hợp doanh nghiệp chuyển nhượng, thanh lý hoặc thay đổi mục đích sử dụng đối với hàng hóa đã được miễn thuế, doanh nghiệp phải kê khai, nộp đủ các loại thuế theo quy định tại thời điểm thay đổi mục đích sử dụng.
• Chế độ báo cáo định kỳ: Doanh nghiệp có trách nhiệm báo cáo định kỳ hàng năm về tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế cho cơ quan hải quan nơi đăng ký danh mục để phục vụ công tác giám sát.

4. Hướng dẫn xử lý vướng mắc trong giai đoạn chuyển tiếp

Công văn cũng đưa ra các giải pháp tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp đối với các dự án đang triển khai dở dang trong giai đoạn thay đổi chính sách pháp luật về thuế:

• Bảo hộ quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp: Các dự án đầu tư đã được cấp phép và đang được hưởng ưu đãi thuế nhập khẩu trước thời điểm quy định mới có hiệu lực thì tiếp tục được hưởng các ưu đãi đó cho thời gian còn lại của dự án nếu đáp ứng đủ điều kiện.
• Xử lý tiền thuế nộp thừa: Hướng dẫn chi tiết thủ tục hoàn thuế, bù trừ thuế đối với các trường hợp doanh nghiệp đã nộp thuế nhập khẩu nhưng sau đó được xác định thuộc đối tượng miễn thuế theo các hướng dẫn mới.