Công văn 5895/TCT-CS được Tổng cục Thuế ban hành năm 2014 nhằm hướng dẫn cụ thể về chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với các dự án đầu tư trong khu công nghiệp. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng giúp tháo gỡ các vướng mắc của doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương trong việc áp dụng các quy định ưu đãi thuế theo Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp sửa đổi và các văn bản hướng dẫn thi hành.

- Ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với dự án đầu tư mới tại khu công nghiệp

Theo hướng dẫn tại Công văn 5895/TCT-CS, chính sách ưu đãi thuế đối với các dự án đầu tư mới được thực hiện đồng bộ với các quy định pháp luật về thuế TNDN hiện hành:

• Dự án đầu tư mới của doanh nghiệp thực hiện tại các khu công nghiệp (trừ khu công nghiệp nằm trên địa bàn các quận thuộc đô thị loại đặc biệt, đô thị loại I trực thuộc trung ương và các đô thị loại I trực thuộc tỉnh) được hưởng ưu đãi thuế TNDN.
• Mức ưu đãi áp dụng cụ thể bao gồm miễn thuế TNDN trong thời gian 2 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 4 năm tiếp theo.
• Tiêu chí xác định dự án đầu tư mới phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện về thủ tục đầu tư, hạch toán kế toán và thực tế triển khai dự án theo quy định của Luật Thuế TNDN và các văn bản hướng dẫn liên quan.

- Quy định về chuyển tiếp ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Một trong những nội dung trọng tâm của Công văn 5895/TCT-CS là việc xử lý chuyển tiếp ưu đãi thuế cho các doanh nghiệp đã hoạt động từ trước năm 2014:

• Doanh nghiệp có dự án đầu tư đang hoạt động tại các khu công nghiệp trước ngày 01/01/2014 mà chưa được hưởng ưu đãi thuế TNDN hoặc đã hết thời gian hưởng ưu đãi theo các quy định trước đây thì không thuộc diện được điều chỉnh để hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại theo quy định mới.
• Trường hợp doanh nghiệp có dự án đầu tư đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế TNDN theo quy định mới (do thay đổi địa bàn hoặc lĩnh vực ưu đãi) thì được lựa chọn hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại kể từ kỳ tính thuế năm 2014.
• Việc xác định thời gian ưu đãi còn lại được tính bằng thời gian ưu đãi theo quy định mới trừ đi thời gian doanh nghiệp đã thực tế hoạt động hoặc đã được hưởng ưu đãi trước đó (nếu có).

- Nguyên tắc và điều kiện áp dụng ưu đãi thuế

Để đảm bảo việc áp dụng ưu đãi thuế TNDN đúng đối tượng và đúng quy định pháp luật, Tổng cục Thuế nhấn mạnh các nguyên tắc sau:

• Doanh nghiệp phải thực hiện chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và nộp thuế theo kê khai.
• Doanh nghiệp có nhiều hoạt động sản xuất kinh doanh phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế TNDN (bao gồm mức thuế suất ưu đãi hoặc miễn, giảm thuế) và thu nhập từ hoạt động kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế.
• Trường hợp không hạch toán riêng được thì thu nhập từ hoạt động sản xuất kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế được xác định theo tỷ lệ doanh thu của hoạt động được hưởng ưu đãi thuế trên tổng doanh thu của doanh nghiệp.
• Không áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với các khoản thu nhập khác ngoài hoạt động sản xuất kinh doanh được ưu đãi (như thu nhập từ chuyển nhượng vốn, chuyển nhượng bất động sản, thu nhập từ lãi tiền gửi, lãi cho vay...).

- Hướng dẫn tổ chức thực hiện cho cơ quan thuế địa phương

Tổng cục Thuế yêu cầu Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương căn cứ vào tình hình thực tế của địa phương để hướng dẫn doanh nghiệp thực hiện:

• Tăng cường công tác tuyên truyền, phổ biến và hướng dẫn doanh nghiệp trên địa bàn nắm rõ các điều kiện, thủ tục để tự xác định mức ưu đãi thuế TNDN và tự kê khai, quyết toán thuế theo đúng quy định.
• Thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra thuế đối với các doanh nghiệp kê khai hưởng ưu đãi thuế TNDN nhằm đảm bảo tính chính xác, ngăn ngừa việc lợi dụng chính sách ưu đãi để trốn thuế, gian lận thuế.
• Kịp thời báo cáo Tổng cục Thuế những vướng mắc phát sinh vượt quá thẩm quyền giải quyết trong quá trình triển khai thực hiện thực tế tại địa phương.