Công văn 735/TCT-DNL năm 2015 do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn chi tiết về chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các dự án đầu tư. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng giúp các doanh nghiệp, đặc biệt là các tập đoàn, tổng công ty lớn thuộc diện quản lý của Vụ Quản lý thuế doanh nghiệp lớn (DNL), thực hiện đúng quy trình và điều kiện hoàn thuế theo quy định pháp luật.

- Đối tượng và điều kiện áp dụng hoàn thuế GTGT dự án đầu tư

• Doanh nghiệp nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh.
• Số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ mua vào dùng cho dự án đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên sẽ được xem xét hoàn thuế GTGT.
• Dự án đầu tư phải được thực hiện theo đúng tiến độ, có đầy đủ hồ sơ pháp lý, giấy phép đầu tư hoặc quyết định chủ trương đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.

- Nguyên tắc bù trừ thuế GTGT trước khi hoàn thuế

• Cơ sở kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư mới tại cùng tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương hoặc khác tỉnh, thành phố phải thực hiện kê khai bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện.
• Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì mới được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
• Trường hợp số thuế GTGT đầu vào còn lại dưới 300 triệu đồng thì kết chuyển sang kỳ tính thuế tiếp theo để tiếp tục khấu trừ.

- Hướng dẫn hoàn thuế đối với chi nhánh, đơn vị phụ thuộc

• Trường hợp chủ đầu tư thành lập Ban quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại địa phương khác để trực tiếp quản lý dự án đầu tư, các đơn vị này phải thực hiện kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng biệt nếu có con dấu, tài khoản tiền gửi ngân hàng và trực tiếp lưu giữ sổ sách kế toán.
• Khi dự án đầu tư hoàn thành và đi vào hoạt động, số thuế GTGT chưa được hoàn (nếu có) sẽ được bàn giao lại cho doanh nghiệp thành lập dự án để tiếp tục kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế theo quy định.

- Hồ sơ và thủ tục đề nghị hoàn thuế GTGT

• Doanh nghiệp cần chuẩn bị Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu quy định hiện hành.
• Các tài liệu chứng minh kèm theo bao gồm: Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư, bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa dịch vụ mua vào, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên.
• Hồ sơ pháp lý của dự án đầu tư như Giấy chứng nhận đầu tư, quyết định phê duyệt dự án đầu tư của cấp có thẩm quyền.

- Trách nhiệm của cơ quan thuế và doanh nghiệp

• Doanh nghiệp chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của hồ sơ, số liệu kê khai đề nghị hoàn thuế GTGT.
• Cơ quan thuế có trách nhiệm tiếp nhận, phân loại hồ sơ hoàn thuế (thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau hoặc kiểm tra trước hoàn thuế sau) và thực hiện giải quyết hoàn thuế đúng thời hạn quy định.
• Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế nhằm phát hiện và xử lý nghiêm các hành vi gian lận, trục lợi tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.