Trả lời văn thư số 04/10 CV-13 ngày 11/10/2013 của Công ty về chính sách thuế, Cục Thuế TP có ý kiến như sau:

Căn cứ Khoản 3c Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài Chính hướng dẫn một số điều của Luật Quản lý thuế:

“...

Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đóng trụ sở chính. Nếu số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư. Trường hợp người nộp thuế có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương, Ban Quản lý dự án có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế phụ thuộc thì Ban quản lý dự án được lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế.

...”

Căn cứ Khoản 3 Điều 18 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài Chính hướng dẫn về thuế Giá trị gia tăng (GTGT):

“…

Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này. Trường hợp có ban quản lý dự án thì ban quản lý dự án thực hiện đăng ký, kê khai lập hồ sơ hoàn thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế (trừ ban quản lý dự án cùng địa bàn tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính do doanh nghiệp trụ sở chính lập hồ sơ hoàn thuế GTGT). Khi dự án đầu tư thành lập doanh nghiệp mới đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.”

Trường hợp Công ty theo trình bày, trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh, có dự án đầu tư thành lập đơn vị trực thuộc tại tỉnh Đồng Nai đã đăng ký kinh doanh, đăng ký thuế (đã được cấp Giấy chứng nhận đăng ký hoạt động chi nhánh, mã số thuế vào ngày 18/3/2013) thì đơn vị trực thuộc thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế GTGT với cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi có dự án (Chi cục Thuế huyện Nhơn Trạch, tỉnh Đồng Nai). Đối với số máy móc thiết bị nhập khẩu mà Công ty đã nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, đã kê khai khấu trừ tại Chi cục Thuế quận Tân Bình thì khi bàn giao máy móc thiết bị cho chi nhánh, Công ty thực hiện lập hóa đơn GTGT để chi nhánh làm căn cứ kê khai thuế GTGT đầu vào tại tỉnh Đồng nai.

Cục thuế TP thông báo Công ty biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này.