b) Hợp đồng chuyển giao công nghệ;

c) Hợp đồng dịch vụ khoa học và công nghệ.”

- Căn cứ Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019 của Quốc hội.

+ Tại Điều 47 quy định khai bổ sung hồ sơ khai thuế:

“Điều 47. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế

1. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 10 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế có sai, sót nhưng trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra.

2. Khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế thì người nộp thuế vẫn được khai bổ sung hồ sơ khai thuế; cơ quan thuế thực hiện xử phạt vi phạm hành chính về quản lý thuế đối với hành vi quy định tại Điều 142 và Điều 143 của Luật này.

…

4. Hồ sơ khai bổ sung hồ sơ khai thuế bao gồm:

a) Tờ khai bổ sung;

b) Bản giải trình khai bổ sung và các tài liệu có liên quan.

…”

+ Tại Điều 60 quy định về xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa như sau:

“Điều 60. Xử lý số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa

1. Người nộp thuế có số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp lớn hơn số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp thì được bù trừ số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ hoặc trừ vào số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo hoặc được hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt.

Trường hợp người nộp thuế đề nghị bù trừ tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt còn nợ thì không tính tiền chậm nộp tương ứng với khoản tiền bù trừ trong khoảng thời gian từ ngày phát sinh khoản nộp thừa đến ngày cơ quan quản lý thuế thực hiện bù trừ.

2. Trường hợp người nộp thuế yêu cầu hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa thì cơ quan quản lý thuế phải ra quyết định hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa hoặc có văn bản trả lời nêu rõ lý do không hoàn trả trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được văn bản yêu cầu.

3. Không hoàn trả số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa và cơ quan quản lý thuế thực hiện thanh khoản số tiền nộp thừa trên sổ kế toán, trên hệ thống dữ liệu điện tử trong các trường hợp sau đây:

a) Cơ quan quản lý thuế đã thông báo cho người nộp thuế về số tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn trả nhưng người nộp thuế từ chối nhận lại số tiền nộp thừa bằng văn bản;

b) Người nộp thuế không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký với cơ quan thuế, đã được cơ quan quản lý thuế thông báo về số tiền nộp thừa trên phương tiện thông tin đại chúng mà sau 01 năm kể từ ngày thông báo, người nộp thuế không có phản hồi bằng văn bản yêu cầu hoàn trả tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa với cơ quan quản lý thuế;

c) Khoản nộp thừa quá thời hạn 10 năm kể từ ngày nộp tiền vào ngân sách nhà nước mà người nộp thuế không bù trừ nghĩa vụ thuế và không hoàn thuế.

…”

+ Tại Điều 70 quy định các trường hợp hoàn thuế:

“Điều 70. Các trường hợp hoàn thuế

1. Cơ quan quản lý thuế thực hiện hoàn thuế đối với tổ chức, cá nhân thuộc trường hợp hoàn thuế theo quy định của pháp luật về thuế.

2. Cơ quan thuế hoàn trả tiền nộp thừa đối với trường hợp người nộp thuế có số tiền đã nộp ngân sách nhà nước lớn hơn số phải nộp ngân sách nhà nước theo quy định tại khoản 1 Điều 60 của Luật này.”

+ Tại Điều 71 quy định hồ sơ hoàn thuế:

“Điều 71. Hồ sơ hoàn thuế

1. Người nộp thuế thuộc trường hợp được hoàn thuế lập và gửi hồ sơ hoàn thuế cho cơ quan quản lý thuế có thẩm quyền.

2. Hồ sơ hoàn thuế bao gồm:

a) Văn bản yêu cầu hoàn thuế;

b) Các tài liệu liên quan đến yêu cầu hoàn thuế.”

+ Tại Điều 151 quy định hiệu lực thi hành:

“1. Luật này có hiệu lực thi hành từ ngày 01 tháng 7 năm 2020, trừ trường hợp quy định tại khoản 2 Điều này.

…”

- Căn cứ Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật thuế GTGT và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT.

+ Tại Khoản 15 Điều 10 quy định thuế suất 5%:

“15. Dịch vụ khoa học và công nghệ là các hoạt động phục vụ, hỗ trợ kỹ thuật cho việc nghiên cứu khoa học và phát triển công nghệ; các hoạt động liên quan đến sở hữu trí tuệ; chuyển giao công nghệ, tiêu chuẩn, quy chuẩn kỹ thuật, đo lường, chất lượng sản phẩm, hàng hóa, an toàn bức xạ, hạt nhân và năng lượng nguyên tử; dịch vụ về thông tin, tư vấn, đào tạo, bồi dưỡng, phổ biến, ứng dụng thành tựu khoa học và công nghệ trong các lĩnh vực kinh tế - xã hội theo hợp đồng dịch vụ khoa học và công nghệ quy định tại Luật Khoa học và công nghệ, không bao gồm trò chơi trực tuyến và dịch vụ giải trí trên Internet.”

+ Tại Điều 11 quy định thuế suất 10%:

“Thuế suất 10% áp dụng đối với hàng hóa, dịch vụ không được quy định tại Điều 4, Điều 9 và Điều 10 Thông tư này.

…”

- Căn cứ Khoản 3 Điều 20 Thông tư 39/2014/TT-BTC ngày 31/3/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn về hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ về việc xử lý đối với hóa đơn đã lập:

“3. Trường hợp hóa đơn đã lập và giao cho người mua, đã giao hàng hóa, cung ứng dịch vụ, người bán và người mua đã kê khai thuế, sau đó phát hiện sai sót thì người bán và người mua phải lập biên bản hoặc có thỏa thuận bằng văn bản ghi rõ sai sót, đồng thời người bán lập hóa đơn điều chỉnh sai sót. Hóa đơn ghi rõ điều chỉnh (tăng, giảm) số lượng hàng hóa, giá bán, thuế suất thuế giá trị gia tăng..., tiền thuế giá trị gia tăng cho hóa đơn số..., ký hiệu... Căn cứ vào hóa đơn điều chỉnh, người bán và người mua kê khai điều chỉnh doanh số mua, bán, thuế đầu ra, đầu vào. Hóa đơn điều chỉnh không được ghi số âm (-)”

Căn cứ các quy định trên, Cục Thuế TP Hà Nội có ý kiến như sau:

Trường hợp hợp đồng dịch vụ đã được nghiệm thu, thanh lý, Viện nghiên cứu và Phát triển Vùng đã xuất hóa đơn GTGT, hai bên đã kê khai thuế sau đó phát hiện sai sót thì Viện Nghiên cứu và Phát triển Vùng và Viện Quy hoạch và Thiết kế nông nghiệp phải lập biên bản hoặc có thỏa thuận bằng văn bản ghi rõ sai sót, đồng thời Viện Nghiên cứu và Phát triển Vùng thực hiện điều chỉnh hóa đơn GTGT đã lập và thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế GTGT tại kỳ có sai sót. Căn cứ hóa đơn điều chỉnh, hai bên kê khai, điều chỉnh doanh số mua bán, thuế đầu ra, đầu vào theo quy định hiện hành.

Về việc xác định dịch vụ phân tích mẫu gạo, mẫu đất, mẫu nước mà Viện Nghiên cứu và Phát triển Vùng cung cấp cho Viện Quy hoạch và Thiết kế nông nghiệp có phải là dịch vụ khoa học công nghệ hay không để áp dụng đúng thuế suất thuế GTGT theo quy định, đề nghị các bên nghiên cứu các quy định pháp luật về khoa học công nghệ, các quy định pháp luật liên quan hoặc liên hệ với cơ quan có thẩm quyền để được hướng dẫn.

Trường hợp sau khi Viện Nghiên cứu và Phát triển Vùng điều chỉnh hồ sơ khai thuế GTGT, phát sinh số thuế GTGT nộp thừa thì xử lý theo quy định tại Điều 60 Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14.

Về thủ tục, hồ sơ hoàn thuế (nếu có) thực hiện theo hướng dẫn tại Điều 71 Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14 và các văn bản hướng dẫn thi hành.

Từ ngày 01/7/2020, Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14 ngày 13/6/2019 của Quốc hội có hiệu lực thi hành. Hiện nay, Bộ Tài chính đang xây dựng dự thảo các văn bản quy phạm pháp luật hướng dẫn Luật quản lý thuế số 38/2019/QH14. Cục Thuế TP Hà Nội sẽ đăng tải nội dung trên trang web https://hanoi.gdt.gov.vn để hướng dẫn người nộp thuế khi các văn bản được ban hành.

Trong quá trình thực hiện chính sách thuế, trường hợp còn vướng mắc, đơn vị có thể tham khảo các văn bản hướng dẫn của Cục Thuế TP Hà Nội được đăng tải trên website http://hanoi.gdt.gov.vn hoặc liên hệ với Phòng Thanh tra - Kiểm Tra số 4 để được hỗ trợ giải quyết.

Cục Thuế TP Hà Nội trả lời để Viện Nghiên cứu và Phát triển Vùng được biết và thực hiện./.