Tóm tắt Công văn số 2398/TCT-CS về việc khấu trừ thuế giá trị gia tăng

Công văn số 2398/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng dành cho các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Nội dung công văn tập trung giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các doanh nghiệp có rủi ro cao về thuế hoặc sử dụng hóa đơn của các đơn vị không còn hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký (doanh nghiệp bỏ trốn, mất tích).

Nguyên tắc xử lý thuế đối với hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn

Tổng cục Thuế đưa ra các nguyên tắc phân loại cụ thể để xử lý việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với các hóa đơn mua hàng hóa, dịch vụ từ các doanh nghiệp đã ngừng hoạt động hoặc bỏ trốn:

• Thời điểm trước khi cơ quan thuế công bố doanh nghiệp bỏ trốn: Nếu doanh nghiệp mua hàng chứng minh được giao dịch mua bán là có thật, có đầy đủ hồ sơ, chứng từ hợp lệ như hợp đồng mua bán, biên bản giao nhận, phiếu nhập kho, và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (đối với hóa đơn từ 20 triệu đồng trở lên), cơ quan thuế sẽ xem xét cho phép khấu trừ thuế GTGT đầu vào và tính vào chi phí được trừ khi xác định thuế thu nhập doanh nghiệp.
• Thời điểm sau khi cơ quan thuế công bố doanh nghiệp bỏ trốn: Tất cả các hóa đơn phát sinh sau ngày cơ quan thuế công khai thông tin doanh nghiệp bán hàng bỏ trốn, ngừng hoạt động đều không được chấp nhận để khấu trừ thuế GTGT đầu vào và không được tính vào chi phí hợp lý khi tính thuế thu nhập doanh nghiệp, do đây được xác định là hành vi sử dụng hóa đơn không hợp pháp.

Nghĩa vụ chứng minh và giải trình của người nộp thuế

Để bảo vệ quyền lợi hợp pháp và được chấp nhận khấu trừ thuế GTGT đối với các giao dịch có yếu tố rủi ro, người nộp thuế phải có trách nhiệm phối hợp và cung cấp đầy đủ các tài liệu chứng minh tính trung thực của giao dịch:

• Cung cấp toàn bộ chuỗi hồ sơ giao dịch thực tế bao gồm hợp đồng, hóa đơn, chứng từ vận chuyển, phiếu xuất kho của bên bán và phiếu nhập kho của bên mua.
• Xuất trình chứng từ thanh toán qua ngân hàng đảm bảo tính khớp đúng về tài khoản của bên mua và bên bán theo đúng quy định pháp luật.
• Lập văn bản giải trình rõ ràng về nguồn gốc, xuất xứ của hàng hóa, cam kết tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính xác thực của các hồ sơ, tài liệu đã cung cấp cho cơ quan thuế.

Biện pháp quản lý và giám sát của cơ quan thuế

Nhằm ngăn chặn tình trạng gian lận hoàn thuế và mua bán hóa đơn bất hợp pháp, Tổng cục Thuế yêu cầu cơ quan thuế các cấp triển khai các biện pháp nghiệp vụ chặt chẽ:

• Tăng cường thanh tra, kiểm tra và xác minh: Thực hiện đối chiếu chéo thông tin hóa đơn giữa bên mua và bên bán, kiểm tra kỹ dòng tiền và dòng hàng hóa để phát hiện các trường hợp ký khống hóa đơn nhằm hợp thức hóa hàng hóa trôi nổi.
• Chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra: Đối với các trường hợp doanh nghiệp sử dụng hóa đơn có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự, cố ý trốn thuế hoặc hợp thức hóa hóa đơn khống với số lượng lớn, cơ quan thuế sẽ lập hồ sơ chuyển giao cho cơ quan công an để điều tra, xử lý theo thẩm quyền.
• Khuyến khích doanh nghiệp tự khắc phục: Tạo điều kiện cho các doanh nghiệp chủ động rà soát hệ thống sổ sách, tự kê khai điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào và giảm chi phí được trừ đối với các hóa đơn không hợp pháp trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở người nộp thuế để được miễn xử phạt vi phạm hành chính về hành vi trốn thuế.

Khuyến nghị dành cho các doanh nghiệp

Công văn số 2398/TCT-CS là cơ sở pháp lý quan trọng giúp minh bạch hóa quá trình quản lý thuế, bảo vệ các doanh nghiệp làm ăn chân chính và xử lý nghiêm các hành vi trục lợi. Doanh nghiệp cần chủ động tra cứu thông tin hoạt động của đối tác trên cổng thông tin của cơ quan thuế trước khi thực hiện giao dịch, đồng thời hoàn thiện và lưu trữ khoa học toàn bộ chứng từ liên quan để hạn chế tối đa các rủi ro pháp lý về thuế GTGT.