Công văn số 3758/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn chi tiết về việc kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đầu vào đối với các hóa đơn bị kê khai chậm quá thời hạn quy định. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng giúp doanh nghiệp tháo gỡ vướng mắc trong việc xử lý các hóa đơn bỏ sót, đảm bảo quyền lợi khấu trừ thuế hợp pháp theo quy định của pháp luật thuế hiện hành.

Phạm vi và đối tượng áp dụng: Văn bản áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế có phát sinh các hóa đơn mua vào bị bỏ sót, chưa thực hiện kê khai, khấu trừ trong kỳ tính thuế phát sinh; và các cơ quan thuế các cấp thực hiện công tác quản lý, kiểm tra thuế.

- Nguyên tắc kê khai, khấu trừ hóa đơn GTGT đầu vào bỏ sót

• Doanh nghiệp khi phát hiện hóa đơn GTGT đầu vào của các kỳ trước bị bỏ sót chưa kê khai thì được thực hiện kê khai, khấu trừ bổ sung.
• Thời điểm kê khai bổ sung được thực hiện vào kỳ tính thuế phát hiện hóa đơn bỏ sót, nhưng phải trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra thuế, kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.

- Điều kiện để được khấu trừ thuế GTGT đối với hóa đơn kê khai chậm

• Có hóa đơn GTGT hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu, chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài.
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ các trường hợp đặc biệt theo quy định của pháp luật.
• Hóa đơn phải phản ánh đúng nghiệp vụ kinh tế phát sinh thực tế và phục vụ cho hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT.

- Xử lý các trường hợp kê khai chậm quá thời hạn

• Đối với các hóa đơn đầu vào phát sinh trước thời điểm Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng có hiệu lực, việc kê khai chậm quá thời hạn quy định (như quá 3 tháng hoặc 6 tháng tùy theo từng thời kỳ lịch sử pháp lý) phải tuân thủ đúng các hướng dẫn chuyển tiếp của Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế.
• Trường hợp người nộp thuế phát hiện hóa đơn bỏ sót sau khi cơ quan thuế đã công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp thì không được tự ý kê khai, khấu trừ bổ sung đối với các hóa đơn liên quan đến kỳ thanh tra, kiểm tra đó.

- Trách nhiệm của người nộp thuế và cơ quan thuế

• Người nộp thuế phải tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của hồ sơ kê khai bổ sung, chứng minh được tính hợp pháp của các hóa đơn bị bỏ sót.
• Cơ quan thuế có trách nhiệm hướng dẫn, kiểm tra và giám sát việc kê khai bổ sung của doanh nghiệp, đảm bảo việc khấu trừ thuế đúng đối tượng, đúng chế độ và ngăn chặn các hành vi gian lận thuế.

Hiệu lực thi hành: Công văn số 3758/TCT-KK có hiệu lực hướng dẫn kể từ ngày ban hành. Các hướng dẫn tại văn bản này được áp dụng thống nhất cùng với các quy định tại Luật Thuế GTGT và các Thông tư hướng dẫn thi hành về quản lý thuế hiện hành.