Công văn 1974/TCT-CS năm 2024 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải đáp các vướng mắc liên quan đến chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư. Văn bản này tập trung làm rõ điều kiện hoàn thuế, các trường hợp không được hoàn thuế và trách nhiệm kiểm tra, giám sát của cơ quan thuế địa phương.

Căn cứ pháp lý áp dụng chính sách thuế GTGT đối với dự án đầu tư

Tổng cục Thuế đưa ra hướng dẫn dựa trên hệ thống văn bản quy phạm pháp luật hiện hành về thuế GTGT và quản lý thuế, bao gồm:

• Luật Thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung một số điều theo Luật số 106/2016/QH13.
• Nghị định số 209/2013/NĐ-CP của Chính phủ (được sửa đổi, bổ sung bởi Nghị định số 49/2022/NĐ-CP) quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng.
• Thông tư số 219/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính (được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 130/2016/TT-BTC và Thông tư số 80/2021/TT-BTC) hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng.

Điều kiện hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư mới

Theo quy định, cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới đang trong giai đoạn đầu tư sẽ được hoàn thuế GTGT nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:

• Dự án đầu tư phải được thực hiện theo đúng quy định của pháp luật về đầu tư và đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh.
• Số thuế GTGT đầu vào lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên.
• Cơ sở kinh doanh phải thực hiện kê khai thuế GTGT riêng đối với dự án đầu tư và thực hiện bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có).

Các trường hợp dự án đầu tư không được hoàn thuế GTGT

Công văn nhấn mạnh các trường hợp không áp dụng hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư nhằm tránh việc trục lợi chính sách, cụ thể:

• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Trường hợp đến thời điểm nộp hồ sơ hoàn thuế mà doanh nghiệp chưa góp đủ vốn điều lệ thì không được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư đó.
• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đáp ứng đủ điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư (chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề có điều kiện; chưa được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh hoặc chưa có văn bản chấp thuận của cơ quan có thẩm quyền).
• Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.

Hướng dẫn tổ chức thực hiện đối với cơ quan thuế địa phương

Để đảm bảo việc thực thi chính sách thuế đúng quy định pháp luật, Tổng cục Thuế yêu cầu Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thực hiện các nội dung sau:

• Tiến hành rà soát, kiểm tra thực tế hồ sơ khai thuế, hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT của các doanh nghiệp có dự án đầu tư trên địa bàn quản lý.
• Đối chiếu chặt chẽ tiến độ góp vốn điều lệ thực tế của doanh nghiệp so với giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp hoặc điều lệ hoạt động của công ty.
• Kiểm tra tính pháp lý của các giấy phép, chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh đối với các dự án thuộc ngành nghề kinh doanh có điều kiện trước khi quyết định hoàn thuế.
• Trường hợp phát hiện người nộp thuế kê khai không đúng quy định hoặc không đáp ứng đủ điều kiện hoàn thuế, cơ quan thuế thực hiện không hoàn thuế, thu hồi số tiền thuế đã hoàn sai (nếu có) và xử lý vi phạm theo quy định của Luật Quản lý thuế.