Công văn 2066/BXD-KTXD năm 2017 của Bộ Xây dựng hướng dẫn chi tiết về việc xác định các khoản thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản làm vật liệu xây dựng thông thường trong các dự án đầu tư xây dựng công trình. Đây là văn bản quan trọng giúp các chủ đầu tư, đơn vị tư vấn và nhà thầu xác định chính xác chi phí trong tổng mức đầu tư và dự toán xây dựng công trình, tránh việc tính trùng hoặc bỏ sót các khoản nghĩa vụ tài chính với Nhà nước.

- Nguyên tắc xác định thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường trong chi phí xây dựng

• Đối với vật liệu xây dựng mua trên thị trường: Giá vật liệu xây dựng đến hiện trường công trình được xác định trên cơ sở giá bán của nhà sản xuất, nhà cung ứng hoặc giá công bố của cơ quan nhà nước có thẩm quyền. Giá này thông thường đã bao gồm thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường và các loại thuế, phí khác theo quy định. Do đó, khi lập dự toán xây dựng, không được tính thêm các khoản thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường vào đơn giá vật liệu để tránh tính trùng chi phí.
• Đối với vật liệu xây dựng tự khai thác tại mỏ hoặc tại công trường: Trường hợp chủ đầu tư hoặc nhà thầu được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp phép khai thác đất, đá, cát, sỏi... để phục vụ trực tiếp cho dự án, chi phí khai thác phải được lập dự toán riêng. Trong dự toán chi phí khai thác này, thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường đối với sản lượng khoáng sản khai thác thực tế phải được tính toán đầy đủ và nộp vào ngân sách nhà nước theo đúng quy định pháp luật hiện hành.

- Phương pháp tính toán và lập dự toán chi phí

• Xác định đối tượng chịu thuế và phí: Các loại tài nguyên thiên nhiên như đất đồi làm vật liệu san lấp, cát, đá, sỏi khai thác từ các mỏ tự nhiên phục vụ công trình đều thuộc đối tượng chịu thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường.
• Căn cứ tính thuế tài nguyên: Được xác định dựa trên sản lượng tài nguyên tính thuế (m3 nguyên khai hoặc thành phẩm tùy quy định), giá tính thuế tài nguyên do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ban hành tại thời điểm tính toán và thuế suất thuế tài nguyên theo quy định của Luật Thuế tài nguyên.
• Căn cứ tính phí bảo vệ môi trường: Được xác định dựa trên số lượng khoáng sản khai thác thực tế và mức phí bảo vệ môi trường đối với từng loại khoáng sản theo quy định tại Nghị định của Chính phủ về phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản.
• Quản lý chi phí đầu tư xây dựng: Các khoản thuế và phí này khi được xác định đối với vật liệu tự khai thác sẽ được đưa vào chi phí khác hoặc chi phí xây dựng trong dự toán công trình, tùy thuộc vào phương thức tổ chức khai thác và quản lý dự án.

- Trách nhiệm của các bên liên quan trong thực hiện quy định

• Chủ đầu tư: Có trách nhiệm kiểm tra, giám sát việc lập dự toán chi phí xây dựng, đảm bảo việc áp dụng đơn giá vật liệu xây dựng đúng nguồn gốc (mua thương mại hay tự khai thác) để tính toán thuế, phí chính xác, không làm thất thoát ngân sách nhà nước cũng như không làm tăng chi phí đầu tư bất hợp lý.
• Nhà thầu xây dựng: Trường hợp trực tiếp khai thác tài nguyên, nhà thầu phải thực hiện nghiêm túc việc kê khai, nộp thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường với cơ quan thuế địa phương theo đúng sản lượng khai thác thực tế được nghiệm thu.
• Các cơ quan quản lý nhà nước: Thực hiện thanh tra, kiểm tra việc quyết toán chi phí xây dựng, đối chiếu sản lượng khoáng sản thực tế sử dụng tại công trình với chứng từ nộp thuế, phí của nhà thầu để đảm bảo tính minh bạch và tuân thủ pháp luật.