Công văn 554/TCT-CS năm 2016 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc liên quan đến chính sách thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường đối với hoạt động khai thác đất làm vật liệu san lấp, xây dựng công trình. Văn bản này đưa ra các căn cứ pháp lý rõ ràng để các Cục Thuế địa phương và doanh nghiệp thực hiện thống nhất nghĩa vụ tài chính với Nhà nước.

1. Quy định về đối tượng chịu thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường

• Đối tượng chịu thuế tài nguyên: Đất được khai thác để sử dụng làm vật liệu san lấp, xây dựng công trình được xác định là tài nguyên thiên nhiên thuộc đối tượng chịu thuế tài nguyên theo quy định của Luật Thuế tài nguyên hiện hành.
• Đối tượng chịu phí bảo vệ môi trường: Hoạt động khai thác đất làm vật liệu san lấp, xây dựng công trình thuộc đối tượng chịu phí bảo vệ môi trường đối với khai thác khoáng sản theo các nghị định của Chính phủ về phí bảo vệ môi trường.

2. Xác định người nộp thuế và nghĩa vụ kê khai

• Người nộp thuế: Các tổ chức, cá nhân có hoạt động khai thác đất (bao gồm cả các đơn vị được cấp phép khai thác hoặc các đơn vị tận thu đất trong quá trình thi công, cải tạo mặt bằng) là người nộp thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường.
• Nghĩa vụ kê khai và nộp thuế: Người nộp thuế có trách nhiệm tự kê khai, nộp thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường với cơ quan thuế quản lý trực tiếp dựa trên sản lượng đất thực tế khai thác và giá tính thuế do Ủy ban nhân dân cấp tỉnh ban hành.

3. Hướng dẫn xử lý đối với các trường hợp khai thác cụ thể

• Trường hợp tận thu đất từ công trình xây dựng, cải tạo mặt bằng: Khi tổ chức, cá nhân thực hiện đào móng, khơi thông kênh mương, cải tạo mặt bằng mà phát sinh khối lượng đất thừa đem đi bán, trao đổi hoặc sử dụng để san lấp cho các công trình khác thì phải thực hiện kê khai, nộp thuế tài nguyên và phí bảo vệ môi trường đối với toàn bộ sản lượng đất thực tế sử dụng hoặc chuyển nhượng này.
• Căn cứ tính thuế: Giá tính thuế tài nguyên đối với đất khai thác được áp dụng theo Bảng giá tính thuế tài nguyên do Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương quy định tại thời điểm phát sinh hoạt động khai thác.

4. Trách nhiệm phối hợp của cơ quan thuế và các cơ quan liên quan

• Phối hợp liên ngành: Cục Thuế các địa phương cần chủ động phối hợp với Sở Tài nguyên và Môi trường để nắm bắt kịp thời thông tin về các giấy phép khai thác, phương án cải tạo đất, tận thu khoáng sản được phê duyệt trên địa bàn.
• Công tác quản lý thuế: Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra nhằm chống thất thu ngân sách nhà nước, đảm bảo tất cả các hoạt động khai thác đất phục vụ san lấp đều được quản lý thu thuế và phí đầy đủ, đúng quy định của pháp luật.