Công văn 3124/TCT-KK năm 2016 do Tổng cục Thuế ban hành nhằm tăng cường công tác quản lý, giám sát chặt chẽ quy trình hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Văn bản này đưa ra các hướng dẫn cụ thể về việc kiểm soát, giám sát hồ sơ hoàn thuế từ khâu tiếp nhận, phân loại đến khâu ban hành quyết định hoàn thuế, nhằm đảm bảo tính minh bạch, phòng chống gian lận thuế hiệu quả.

Dưới đây là tóm tắt chi tiết các nội dung cốt lõi của Công văn 3124/TCT-KK:

- Mục đích và phạm vi áp dụng công tác giám sát hoàn thuế GTGT

• Tăng cường kỷ cương, kỷ luật trong công tác quản lý hoàn thuế GTGT trên phạm vi cả nước.
• Kiểm soát chặt chẽ việc thực hiện quy trình hoàn thuế tại Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương.
• Phát hiện kịp thời các rủi ro, sai phạm trong việc phân loại hồ sơ hoàn thuế và áp dụng các biện pháp nghiệp vụ phù hợp.
• Đảm bảo việc hoàn thuế đúng đối tượng, đúng chính sách pháp luật, đồng thời tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế tuân thủ tốt.

- Quy trình phân loại và xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT

• Hồ sơ hoàn thuế phải được phân loại nghiêm ngặt thành hai nhóm: "Kiểm tra trước, hoàn thuế sau" và "Hoàn thuế trước, kiểm tra sau" theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế.
• Đối với hồ sơ thuộc diện "Hoàn thuế trước, kiểm tra sau", cơ quan thuế phải thực hiện đánh giá rủi ro dựa trên hệ thống chỉ số tiêu chí rủi ro của Tổng cục Thuế trước khi ban hành quyết định hoàn thuế.
• Đối với hồ sơ thuộc diện "Kiểm tra trước, hoàn thuế sau", cơ quan thuế phải thực hiện kiểm tra thực tế tại trụ sở người nộp thuế để xác định tính hợp pháp, hợp lệ của hóa đơn, chứng từ và hàng hóa dịch vụ mua vào, bán ra.

- Cơ chế giám sát hồ sơ hoàn thuế tại Tổng cục Thuế

• Tổng cục Thuế thực hiện giám sát tự động và giám sát trực tiếp thông qua Hệ thống ứng dụng quản lý thuế tập trung (TMS).
• Hệ thống sẽ tự động cảnh báo các hồ sơ hoàn thuế có dấu hiệu rủi ro cao về hóa đơn, doanh nghiệp bỏ địa chỉ kinh doanh, hoặc có giao dịch đáng ngờ qua ngân hàng.
• Vụ Kê khai và Kế toán thuế phối hợp với các đơn vị liên quan thuộc Tổng cục Thuế để rà soát, đối chiếu dữ liệu và đưa ra ý kiến giám sát đối với các hồ sơ do Cục Thuế địa phương chuyển lên.

- Trách nhiệm của Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương

• Cục Thuế địa phương có trách nhiệm cập nhật đầy đủ, kịp thời và chính xác thông tin của hồ sơ hoàn thuế vào hệ thống TMS ngay khi tiếp nhận.
• Không được tự ý ban hành quyết định hoàn thuế đối với các hồ sơ thuộc diện phải báo cáo, giám sát của Tổng cục Thuế khi chưa có ý kiến phản hồi bằng văn bản hoặc trên hệ thống của Tổng cục Thuế.
• Giải trình làm rõ các nội dung cảnh báo rủi ro từ hệ thống giám sát của Tổng cục Thuế và chịu trách nhiệm toàn diện về tính chính xác của số liệu đề nghị hoàn thuế.
• Thực hiện thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế nghiêm túc đối với các hồ sơ thuộc diện "Hoàn trước, kiểm sau" trong thời hạn quy định để kịp thời thu hồi số tiền hoàn thuế sai quy định (nếu có).

- Xử lý vi phạm và chế độ báo cáo

• Các trường hợp cố ý làm trái quy trình, thiếu trách nhiệm trong kiểm tra, giám sát dẫn đến thất thoát ngân sách nhà nước sẽ bị xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật và ngành Thuế.
• Định kỳ, Cục Thuế các địa phương phải tổng hợp báo cáo kết quả công tác hoàn thuế và giám sát hoàn thuế về Tổng cục Thuế để tổng hợp, đánh giá và hoàn thiện chính sách.