Ngày 15 tháng 08 năm 2014, Tổng cục Thuế đã ban hành Công văn 3316/TCT-CS hướng dẫn cụ thể về việc khấu trừ thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa nhập khẩu. Nội dung trọng tâm của văn bản tập trung vào việc giải quyết các vướng mắc liên quan đến điều kiện chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khi doanh nghiệp thực hiện thanh toán cho bên thứ ba theo chỉ định của nhà cung cấp nước ngoài.

Văn bản này áp dụng đối với các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế có hoạt động nhập khẩu hàng hóa, dịch vụ từ nước ngoài và các cơ quan thuế các cấp chịu trách nhiệm quản lý, thanh tra và quyết toán thuế.

Điều kiện cơ bản để khấu trừ thuế GTGT hàng nhập khẩu

• Doanh nghiệp phải có chứng từ nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu, bao gồm giấy nộp tiền vào ngân sách nhà nước hoặc biên lai nộp thuế kiêm tờ khai hải quan đã hoàn thành nghĩa vụ thuế.
• Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa nhập khẩu có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên theo quy định của pháp luật về thuế GTGT.

Quy định khấu trừ thuế khi thanh toán cho bên thứ ba được ủy quyền

• Trường hợp phía nước ngoài (bên bán) chỉ định một bên thứ ba nhận thanh toán thay thì việc chỉ định này phải được quy định rõ ràng trong hợp đồng mua bán, phụ lục hợp đồng hoặc văn bản thỏa thuận bổ sung trước khi thực hiện giao dịch thanh toán.
• Chứng từ chuyển tiền từ tài khoản của bên mua (doanh nghiệp nhập khẩu tại Việt Nam) sang tài khoản của bên thứ ba được chỉ định tại nước ngoài hoặc quốc gia thứ ba được chấp nhận là chứng từ thanh toán qua ngân hàng hợp lệ.
• Doanh nghiệp nhập khẩu được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của lô hàng nhập khẩu nếu đáp ứng đầy đủ các hồ sơ, chứng từ nêu trên và các chứng từ này phải khớp nhau về giá trị, đối tượng và nội dung giao dịch.

Các trường hợp không được chấp nhận khấu trừ thuế GTGT

• Doanh nghiệp thực hiện thanh toán cho bên thứ ba nhưng không có thỏa thuận bằng văn bản hoặc không có điều khoản ủy quyền thanh toán trong hợp đồng thương mại đã ký kết với bên bán nước ngoài.
• Chứng từ thanh toán qua ngân hàng không chứng minh được dòng tiền đã chuyển thực tế cho bên thụ hưởng hợp pháp hoặc có sự sai lệch về thông tin tài khoản, tên đơn vị thụ hưởng so với văn bản chỉ định.
• Sử dụng các hình thức thanh toán bằng tiền mặt hoặc các hình thức thanh toán bù trừ công nợ không đúng quy định pháp luật đối với các lô hàng có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên.

Công văn 3316/TCT-CS có hiệu lực hướng dẫn áp dụng ngay từ ngày ban hành, tạo cơ sở pháp lý rõ ràng để cơ quan thuế địa phương thống nhất phương án xử lý và hỗ trợ doanh nghiệp tháo gỡ khó khăn trong việc hoàn thuế, khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hoạt động ngoại thương.