Tóm tắt Công văn 3478/TCT-KK năm 2019 về xử lý vướng mắc liên quan đến hoàn thuế giá trị gia tăng

Công văn 3478/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành năm 2019 nhằm tháo gỡ các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các dự án đầu tư của doanh nghiệp. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp các Cục Thuế địa phương thống nhất phương án xử lý, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế và tính nghiêm minh của pháp luật.

- Nguyên tắc bù trừ và hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

• Doanh nghiệp đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới tại địa bàn tỉnh, thành phố khác với nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh và chưa đăng ký thuế thì phải lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư.
• Doanh nghiệp phải thực hiện bù trừ số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư với thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện tại trụ sở chính.
• Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì doanh nghiệp được xem xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư theo quy định.

- Hướng dẫn kê khai và chuyển thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư

• Người nộp thuế có trách nhiệm kê khai riêng thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư (Mẫu số 02/GTGT).
• Trường hợp người nộp thuế kê khai sai mẫu tờ khai (kê khai chung vào Tờ khai hoạt động sản xuất kinh doanh Mẫu số 01/GTGT), cơ quan thuế hướng dẫn người nộp thuế thực hiện kê khai điều chỉnh, bổ sung theo đúng quy định trước khi tiến hành các bước phân loại và giải quyết hồ sơ hoàn thuế.
• Đối với các chi nhánh được thành lập để trực tiếp quản lý dự án đầu tư, việc kê khai, kết chuyển và đề nghị hoàn thuế phải tuân thủ đúng phân cấp quản lý tài chính và hạch toán kế toán của doanh nghiệp chủ quản.

- Xử lý các trường hợp vướng mắc cụ thể về hoàn thuế

• Đối với dự án đầu tư có sự thay đổi về chủ đầu tư hoặc phát sinh hoạt động chuyển nhượng dự án, việc bàn giao số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết phải được thực hiện bằng văn bản, có đầy đủ hóa đơn, chứng từ hợp pháp theo quy định về thuế và chuyển nhượng vốn.
• Trường hợp dự án đầu tư bị chậm tiến độ so với Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Quyết định chủ trương đầu tư, cơ quan thuế phối hợp với các cơ quan chức năng địa phương để xác định rõ nguyên nhân khách quan, chủ quan trước khi quyết định việc tiếp tục cho khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT.
• Không thực hiện hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không đáp ứng đủ điều kiện về góp đủ vốn điều lệ đã đăng ký, hoặc dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đáp ứng đủ điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư.

- Trách nhiệm của Cơ quan thuế trong việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế

• Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm kiểm tra, rà soát kỹ lưỡng hồ sơ đề nghị hoàn thuế của doanh nghiệp, đảm bảo tính chính xác, trung thực của số liệu kê khai và tính pháp lý của dự án đầu tư.
• Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra trước và sau hoàn thuế đối với các dự án đầu tư có dấu hiệu rủi ro cao về thuế, nhằm kịp thời phát hiện và ngăn chặn các hành vi gian lận, trục lợi tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.
• Chủ động phối hợp với các cơ quan ban ngành liên quan tại địa phương để xác minh nguồn gốc hàng hóa, dịch vụ mua vào, tính hợp pháp của đất đai và giấy phép xây dựng liên quan đến dự án đầu tư để giải quyết hồ sơ hoàn thuế đúng thời hạn quy định.