Tóm tắt Công văn 4200/TCT-CS năm 2014 về khiếu nại về ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Công văn 4200/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng giải quyết các vướng mắc, khiếu nại của doanh nghiệp liên quan đến việc áp dụng các chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN). Nội dung công văn tập trung làm rõ nguyên tắc tự xác định ưu đãi, thủ tục kê khai bổ sung và thẩm quyền giải quyết khiếu nại khi doanh nghiệp đáp ứng đủ điều kiện nhưng chưa thực hiện đúng thủ tục kê khai trong các kỳ tính thuế trước.

- Nguyên tắc tự xác định và tự kê khai ưu đãi thuế TNDN

• Doanh nghiệp có trách nhiệm tự xác định các điều kiện ưu đãi thuế, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế và số thuế được miễn, giảm để tự kê khai và quyết toán thuế với cơ quan thuế trực tiếp quản lý.
• Việc ưu đãi thuế TNDN được thực hiện dựa trên cơ sở thực tế đáp ứng các điều kiện ưu đãi đầu tư (về địa bàn, lĩnh vực, quy mô, công nghệ...) theo quy định của pháp luật tại thời điểm phát sinh dự án đầu tư.
• Cơ quan thuế thực hiện công tác thanh tra, kiểm tra để giám sát tính chính xác, trung thực của nội dung tự kê khai ưu đãi mà doanh nghiệp đã thực hiện.

- Hướng dẫn xử lý trường hợp doanh nghiệp đủ điều kiện nhưng chưa kê khai ưu đãi

• Trường hợp doanh nghiệp thực tế đáp ứng đầy đủ các điều kiện hưởng ưu đãi thuế TNDN cho các năm trước nhưng trong hồ sơ khai thuế, quyết toán thuế đã nộp chưa tự xác định và chưa đề xuất hưởng ưu đãi thì doanh nghiệp được phép thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
• Việc khai bổ sung, điều chỉnh số thuế TNDN phải nộp để hưởng ưu đãi phải được thực hiện trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế.
• Nếu doanh nghiệp không thực hiện khai bổ sung trước thời điểm công bố quyết định thanh tra, kiểm tra thì khi cơ quan thuế vào làm việc sẽ xử lý truy thu và xử phạt theo đúng thực tế hồ sơ đã kê khai, trừ trường hợp có quy định đặc biệt khác về giải quyết khiếu nại.

- Giải quyết khiếu nại về ưu đãi thuế TNDN sau khi có kết luận thanh tra, kiểm tra

• Khi cơ quan thuế đã ban hành quyết định xử lý vi phạm về thuế hoặc quyết định truy thu thuế do doanh nghiệp chưa kê khai ưu đãi, nếu doanh nghiệp không đồng ý và thực hiện khiếu nại, cơ quan giải quyết khiếu nại phải căn cứ vào hồ sơ thực tế.
• Cơ quan thuế giải quyết khiếu nại có trách nhiệm phối hợp với các cơ quan chức năng liên quan để thẩm định, xác minh xem doanh nghiệp có thực tế đáp ứng các điều kiện ưu đãi thuế TNDN trong thời kỳ thanh tra, kiểm tra hay không.
• Nếu có đủ căn cứ chứng minh doanh nghiệp thực tế đáp ứng đầy đủ các điều kiện ưu đãi theo quy định của pháp luật tại thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế, cơ quan thuế sẽ xem xét giải quyết giảm trừ nghĩa vụ thuế truy thu tương ứng với phần ưu đãi được hưởng theo quy định của pháp luật về giải quyết khiếu nại.

- Trách nhiệm của cơ quan thuế các cấp trong việc thực hiện

• Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm hướng dẫn các Chi cục Thuế và các bộ phận chuyên môn thực hiện thống nhất theo hướng dẫn tại Công văn này.
• Tránh việc cứng nhắc bác bỏ quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp khi doanh nghiệp có sai sót về mặt thủ tục hành chính nhưng thực tế đáp ứng đầy đủ các điều kiện vật chất để được hưởng ưu đãi thuế theo luật định.
• Đồng thời, cơ quan thuế cần tăng cường công tác tuyên truyền, hỗ trợ người nộp thuế để các doanh nghiệp nắm rõ quyền lợi và nghĩa vụ tự kê khai ưu đãi thuế ngay từ khâu quyết toán thuế năm.