Công văn 4609/TCT-KK do Tổng cục Thuế ban hành năm 2015 là văn bản hướng dẫn quan trọng dành cho các doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương về việc xử lý khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các trường hợp hóa đơn kê khai sai. Văn bản này giúp tháo gỡ các vướng mắc thực tế, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế, đồng thời tăng cường công tác quản lý, chống thất thu ngân sách nhà nước.

- Nguyên tắc kê khai bổ sung đối với hóa đơn có sai sót

• Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót thì được phép khai bổ sung hồ sơ khai thuế. Việc khai bổ sung được thực hiện vào bất kỳ ngày làm việc nào, không phân biệt thời hạn khai thuế của kỳ tính thuế có sai sót, nhưng phải trước khi cơ quan thuế hoặc cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế tại trụ sở của người nộp thuế.
• Đối với các hóa đơn đầu vào bị bỏ sót chưa kê khai, doanh nghiệp được kê khai, khấu trừ bổ sung vào kỳ tính thuế phát hiện sai sót, đảm bảo thực hiện trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp.

- Điều kiện để được khấu trừ, hoàn thuế GTGT đối với hóa đơn kê khai sai

• Hóa đơn được sử dụng để kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế phải là hóa đơn hợp pháp, hợp lệ, phản ánh đúng giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ thực tế phát sinh.
• Doanh nghiệp phải có đầy đủ chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn mua vào có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên (giá đã bao gồm thuế GTGT), trừ các trường hợp đặc biệt theo quy định của pháp luật.
• Các sai sót về thông tin trên hóa đơn (như sai tên, địa chỉ, mã số thuế, thuế suất, tiền thuế...) phải được các bên lập biên bản điều chỉnh hoặc xuất hóa đơn điều chỉnh theo đúng quy định của Bộ Tài chính về hóa đơn bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ.

- Xử lý khấu trừ, hoàn thuế đối với hóa đơn của doanh nghiệp bỏ trốn, ngừng hoạt động

• Trường hợp doanh nghiệp sử dụng hóa đơn đầu vào của các đơn vị đã ngừng hoạt động hoặc bỏ trốn khỏi địa chỉ kinh doanh, cơ quan thuế sẽ tiến hành thanh tra, kiểm tra và xác minh kỹ lưỡng tính xác thực của giao dịch.
• Nếu kết quả xác minh cho thấy giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ là có thật, có đầy đủ hợp đồng, biên bản giao nhận, chứng từ thanh toán qua ngân hàng và hàng hóa đã được đưa vào phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp thì doanh nghiệp vẫn được xem xét khấu trừ, hoàn thuế GTGT đầu vào.
• Trường hợp phát hiện hành vi mua bán hóa đơn khống, không có hàng hóa, dịch vụ kèm theo nhằm mục đích gian lận thuế, cơ quan thuế sẽ không chấp nhận khấu trừ, hoàn thuế, đồng thời chuyển hồ sơ sang cơ quan chức năng để xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật hình sự.

- Trách nhiệm của người nộp thuế và cơ quan thuế quản lý

• Đối với người nộp thuế: Phải tự chịu trách nhiệm hoàn toàn trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của hồ sơ khai thuế bổ sung, các hóa đơn, chứng từ điều chỉnh và chứng từ thanh toán liên quan. Doanh nghiệp có nghĩa vụ giải trình và cung cấp đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh khi cơ quan thuế yêu cầu xác minh.
• Đối với cơ quan thuế: Có trách nhiệm hướng dẫn, tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế thực hiện kê khai bổ sung, điều chỉnh sai sót theo đúng quy trình. Đồng thời, cơ quan thuế phải tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra, đối chiếu thông tin hóa đơn nhằm ngăn chặn kịp thời các hành vi trục lợi, gian lận hoàn thuế GTGT.