Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 4964/CT-THNVDT ngày 17/9/2014 của Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa về việc kê khai, hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại tiết c khoản 3 Điều 11 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn về khai thuế GTGT: “c) Trường hợp người nộp thuế thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.”

Tại tiết c khoản 3 Điều 11 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về khai thuế GTGT: “c) Trường hợp người nộp thuế thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương cùng nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư thì lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và phải bù trừ số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với thuế giá trị gia tăng của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.

Trường hợp người nộp thuế có dự án đầu tư tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, thì người nộp thuế lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư và nộp tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp nơi đóng trụ sở chính. Nếu số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT thì được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.

Trường hợp người nộp thuế có quyết định thành lập các Ban Quản lý dự án hoặc chi nhánh đóng tại các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính để thay mặt người nộp thuế trực tiếp quản lý một hoặc nhiều dự án đầu tư tại nhiều địa phương; Ban Quản lý dự án, chi nhánh có con dấu theo quy định của pháp luật, lưu giữ sổ sách chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, có tài khoản gửi tại ngân hàng, đã đăng ký thuế và được cấp mã số thuế thì Ban Quản lý dự án, chi nhánh phải lập hồ sơ khai thuế riêng với cơ quan thuế địa phương nơi đăng ký thuế. Khi dự án đầu tư để thành lập doanh nghiệp đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế, cơ sở kinh doanh là chủ dự án đầu tư phải tổng hợp số thuế giá trị gia tăng phát sinh, số thuế giá trị gia tăng đã hoàn, số thuế giá trị gia tăng chưa được hoàn của dự án để bàn giao cho doanh nghiệp mới thành lập để doanh nghiệp mới thực hiện kê khai, nộp thuế và đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.”

Căn cứ hướng dẫn nêu trên, đề nghị Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa rà soát, đối chiếu cụ thể đối với trường hợp Công ty liên doanh TNHH kho xăng dầu ngoại quan Vân Phong, nếu thực hiện dự án đầu tư “Kho xăng dầu ngoại quan Vân Phong” gồm nhiều hạng mục, tháng 7/2012, một hạng mục của dự án đã hoàn thành và đưa vào hoạt động kinh doanh và có phát sinh doanh thu, thuế GTGT đầu ra (của chính dự án trên) đồng thời Công ty tiếp tục hoàn thiện dự án theo tiến độ thực hiện dự án đã đăng ký thì Công ty thực hiện kê khai riêng cho dự án đầu tư và thực hiện bù trừ thuế GTGT đầu vào của dự án với số thuế GTGT của hoạt động kinh doanh đang thực hiện. Sau khi bù trừ nếu có số thuế giá trị gia tăng của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư mà chưa được bù trừ hết theo mức quy định của pháp luật về thuế GTGT thì Công ty được hoàn thuế giá trị gia tăng cho dự án đầu tư.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa biết./.