Công văn 59/TCT-CS năm 2016 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng dành cho các cơ quan thuế địa phương và người nộp thuế, nhằm làm rõ chính sách lệ phí trước bạ trong trường hợp người sử dụng đất được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng đất đồng thời chuyển sang hình thức thuê đất. Dưới đây là nội dung tóm tắt và phân tích chi tiết các quy định cốt lõi của văn bản này.

- Xác định đối tượng không chịu lệ phí trước bạ khi thuê đất

• Căn cứ theo các quy định pháp luật về lệ phí trước bạ, đất được Nhà nước cho thuê theo hình thức trả tiền thuê đất hàng năm hoặc trả tiền thuê đất một lần cho cả thời gian thuê thuộc đối tượng không phải nộp lệ phí trước bạ.
• Khi tổ chức, cá nhân đang sử dụng đất được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép chuyển mục đích sử dụng đất, đồng thời chuyển sang hình thức thuê đất của Nhà nước thì diện tích đất thuê này thuộc đối tượng không chịu lệ phí trước bạ.

- Nguyên tắc xử lý lệ phí trước bạ đã nộp trước khi chuyển mục đích

• Đối với trường hợp người sử dụng đất đã nộp lệ phí trước bạ đối với quyền sử dụng đất trước khi thực hiện việc chuyển mục đích sử dụng đất và chuyển sang thuê đất, cơ quan thuế không thực hiện hoàn trả lại số tiền lệ phí trước bạ đã nộp này.
• Quy định này đảm bảo tính nhất quán trong việc quản lý thu ngân sách nhà nước đối với các nghĩa vụ tài chính đã phát sinh và hoàn thành hợp pháp ở các giai đoạn trước đó.

- Nghĩa vụ kê khai và hồ sơ đối với người sử dụng đất

• Mặc dù thuộc đối tượng không chịu lệ phí trước bạ đối với phần diện tích đất chuyển sang thuê, người sử dụng đất vẫn có nghĩa vụ kê khai lệ phí trước bạ đầy đủ với cơ quan thuế theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.
• Hồ sơ kê khai phải kèm theo các văn bản pháp lý liên quan bao gồm: Quyết định cho phép chuyển mục đích sử dụng đất của cơ quan nhà nước có thẩm quyền, Quyết định cho thuê đất, Hợp đồng thuê đất và các giấy tờ chứng minh quyền sử dụng đất hợp pháp trước khi chuyển đổi.

- Trách nhiệm thực hiện của cơ quan thuế địa phương

• Tổng cục Thuế yêu cầu Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương căn cứ vào hồ sơ cụ thể của từng người nộp thuế để kiểm tra, đối chiếu với các quy định pháp luật tại thời điểm phát sinh nghĩa vụ nhằm áp dụng đúng chính sách.
• Đảm bảo việc giải quyết thủ tục hành chính nhanh chóng, đúng đối tượng, tránh thất thu ngân sách nhà nước đồng thời tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp và người dân trong quá trình chuyển đổi hình thức sử dụng đất.