Công văn 65/TCT-CS được Tổng cục Thuế ban hành năm 2015 nhằm hướng dẫn chi tiết về chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp, đặc biệt tập trung vào các nội dung liên quan đến điều kiện và phương thức áp dụng ưu đãi thuế đối với các dự án đầu tư của doanh nghiệp.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản hướng dẫn áp dụng đối với các tổ chức, doanh nghiệp có hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện các dự án đầu tư (bao gồm cả đầu tư mới và đầu tư mở rộng) thuộc diện được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Đồng thời, đây cũng là căn cứ pháp lý để các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thống nhất thực hiện công tác quản lý và hướng dẫn người nộp thuế.

Các nội dung chính sách cốt lõi

1. Nguyên tắc xác định và áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

• Doanh nghiệp chỉ được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp đối với phần thu nhập phát sinh từ hoạt động sản xuất kinh doanh đáp ứng các điều kiện ưu đãi ghi trên Giấy chứng nhận đầu tư hoặc theo quy định thực tế của pháp luật thuế tại thời điểm triển khai dự án.
• Việc áp dụng thuế suất ưu đãi và thời gian miễn, giảm thuế phải tuân thủ nghiêm ngặt các điều kiện về địa bàn ưu đãi đầu tư, lĩnh vực ưu đãi đầu tư hoặc quy mô dự án theo đúng quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp hiện hành.
• Trường hợp doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất kinh doanh khác nhau thì phải hạch toán riêng khoản thu nhập từ hoạt động được hưởng ưu đãi thuế. Nếu không hạch toán riêng được, phần thu nhập ưu đãi sẽ được xác định theo tỷ lệ doanh thu hoặc chi phí hợp lý theo quy định của pháp luật.

2. Hướng dẫn đối với dự án đầu tư mở rộng

• Dự án đầu tư mở rộng của doanh nghiệp đang hoạt động phải đáp ứng một trong các tiêu chí quy định (như tăng nguyên giá tài sản cố định, tăng công suất thiết kế hoặc áp dụng công nghệ mới) để được lựa chọn hưởng ưu đãi thuế theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại hoặc hưởng ưu đãi theo dự án mới đối với phần thu nhập tăng thêm.
• Quy trình xác định và phân bổ thu nhập từ hoạt động đầu tư mở rộng phải đảm bảo tính minh bạch, có đầy đủ hóa đơn, chứng từ chứng minh nguồn vốn và tài sản hình thành nên dự án mở rộng đó.

3. Xử lý chuyển tiếp ưu đãi thuế và các trường hợp đặc thù

• Đối với các doanh nghiệp có sự thay đổi về địa điểm thực hiện dự án đầu tư hoặc thay đổi đăng ký kinh doanh, việc tiếp tục hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp cho khoảng thời gian còn lại sẽ phụ thuộc vào việc địa bàn mới có đáp ứng các điều kiện ưu đãi đầu tư hay không.
• Các vướng mắc phát sinh trong quá trình quyết toán thuế, xác định số thuế được miễn, giảm của doanh nghiệp sẽ được cơ quan thuế quản lý trực tiếp hướng dẫn dựa trên nguyên tắc tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế nhưng vẫn đảm bảo không thất thu ngân sách nhà nước.

Hiệu lực thi hành

Công văn 65/TCT-CS năm 2015 có hiệu lực hướng dẫn kể từ ngày ban hành. Các nội dung hướng dẫn tại văn bản này được áp dụng thống nhất cùng với các quy định của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành liên quan tại thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp.