Nghị định 94/1998/NĐ-CP được ban hành nhằm hướng dẫn chi tiết thi hành Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu số 04/1998/QH10. Văn bản này tập trung điều chỉnh các chính sách cốt lõi về thuế suất thuế nhập khẩu, các trường hợp miễn thuế, quy trình kê khai, thời điểm tính thuế, thời hạn nộp thuế và các biện pháp xử lý vi phạm trong lĩnh vực thuế xuất nhập khẩu.

Đối tượng áp dụng của Nghị định bao gồm các tổ chức, cá nhân có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa thuộc đối tượng chịu thuế; cơ quan Hải quan thực hiện nhiệm vụ kiểm tra, tính thuế và thu thuế; cùng các cơ quan quản lý nhà nước có liên quan như Bộ Tài chính, Bộ Thương mại, Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường, Ngân hàng Nhà nước Việt Nam.

Thuế suất đối với hàng hóa nhập khẩu vào Việt Nam được phân chia cụ thể thành ba loại hình chính:

• Thuế suất ưu đãi: Áp dụng đối với hàng hóa nhập khẩu có xuất xứ từ các quốc gia hoặc khối quốc gia có thỏa thuận về đối xử tối huệ quốc (MFN) trong quan hệ thương mại với Việt Nam. Biểu thuế ưu đãi do Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành và điều chỉnh dựa trên biến động thị trường và khung thuế suất của Ủy ban Thường vụ Quốc hội.
• Thuế suất thông thường: Áp dụng cho hàng hóa từ các nước không có thỏa thuận đối xử tối huệ quốc với Việt Nam. Mức thuế suất thông thường được áp dụng thống nhất cao hơn 50% so với thuế suất ưu đãi. Trong một số trường hợp đặc biệt, Bộ Tài chính có thể quyết định mức chênh lệch từ 50% đến không quá 70% sau khi thống nhất với Bộ Thương mại.
• Thuế suất ưu đãi đặc biệt: Áp dụng cho hàng hóa nhập khẩu có xuất xứ từ các nước hoặc khối nước có thỏa thuận ưu đãi đặc biệt về thuế (như khu vực thương mại tự do, liên minh quan thuế hoặc giao lưu thương mại biên giới). Hàng hóa phải đáp ứng đủ điều kiện về xuất xứ và danh mục mặt hàng quy định trong thỏa thuận.

Nghị định quy định chi tiết các đối tượng được xét miễn thuế bao gồm:

• Hàng hóa nhập khẩu chuyên dùng phục vụ trực tiếp cho mục đích an ninh, quốc phòng, nghiên cứu khoa học, giáo dục và đào tạo theo danh mục do Bộ Tài chính thống nhất với các Bộ, ngành liên quan.
• Hàng hóa nhập khẩu của các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài (FDI) và bên nước ngoài hợp tác kinh doanh theo Luật Đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, thực hiện theo các quy định khuyến khích đầu tư tại các Nghị định liên quan (Nghị định 12/CP, Nghị định 10/1998/NĐ-CP, Nghị định 62/1998/NĐ-CP).
• Hàng hóa nhập khẩu của các doanh nghiệp đầu tư trong nước được hưởng ưu đãi theo quy định của Luật Khuyến khích đầu tư trong nước.
• Hàng hóa là quà biếu, quà tặng của tổ chức, cá nhân nước ngoài cho tổ chức, cá nhân Việt Nam và ngược lại, hoặc hàng mẫu trong định mức quy định của Bộ Tài chính.

Tổ chức, cá nhân có hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu có trách nhiệm tự kê khai, nộp tờ khai và chịu trách nhiệm hoàn toàn về tính chính xác của số liệu kê khai cho cơ quan Hải quan nơi làm thủ tục. Đối với các cửa khẩu có lưu lượng hàng hóa lớn, Tổng cục Hải quan phối hợp với Bộ Tài chính trình Chính phủ cho phép mở thêm các địa điểm làm thủ tục nhập khẩu và thu thuế ngoài cửa khẩu nhằm tạo thuận lợi cho doanh nghiệp.

• Thời điểm tính thuế: Là ngày tổ chức, cá nhân đăng ký tờ khai hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu với cơ quan Hải quan. Thuế được tính dựa trên thuế suất và giá tính thuế có hiệu lực tại ngày đăng ký tờ khai.
• Thời hạn thông báo thuế: Cơ quan Hải quan phải thông báo chính thức số thuế phải nộp cho đối tượng nộp thuế trong vòng 8 giờ làm việc kể từ khi tiếp nhận tờ khai.
• Các trường hợp kéo dài thời hạn thông báo thuế: Đối với hàng hóa nhập khẩu số lượng lớn (sắt, thép, xăng dầu, phân bón...) hoặc hàng hóa bắt buộc phải giám định chất lượng trước khi lưu thông, thời hạn thông báo thuế có thể kéo dài nhưng không quá 3 ngày làm việc. Đối với hàng hóa phức tạp cần giám định kỹ thuật để xác định mã số thuế hoặc tình trạng cũ/mới, thời hạn thông báo thuế tối đa là 15 ngày làm việc.

Thời hạn nộp thuế được phân loại chặt chẽ theo tính chất của từng nhóm hàng hóa:

• Hàng hóa xuất khẩu: Thời hạn nộp thuế là 15 ngày kể từ ngày nhận được thông báo thuế chính thức từ cơ quan Hải quan.
• Vật tư, nguyên liệu nhập khẩu để sản xuất hàng xuất khẩu: Thời hạn nộp thuế là 9 tháng. Đối với các ngành sản xuất có chu kỳ dài (như đóng tàu, chế tạo máy móc), Bộ Tài chính có thể gia hạn phù hợp với chu kỳ sản xuất thực tế. Nếu doanh nghiệp thực tế xuất khẩu sản phẩm trong thời hạn này thì không phải nộp thuế nhập khẩu tương ứng; nếu tiêu thụ nội địa sẽ bị xử lý vi phạm.
• Hàng hóa kinh doanh tạm nhập - tái xuất hoặc tạm xuất - tái nhập: Thời hạn nộp thuế là 15 ngày kể từ ngày hết thời hạn cho phép tạm nhập/tạm xuất. Nếu thực hiện tái xuất/tái nhập đúng hạn thì không phải nộp thuế tương ứng.
• Máy móc, thiết bị, nguyên nhiên vật liệu phục vụ trực tiếp sản xuất: Thời hạn nộp thuế là 30 ngày kể từ ngày nhận thông báo thuế.
• Hàng tiêu dùng nhập khẩu: Phải nộp đủ thuế trước khi nhận hàng. Trường hợp có bảo lãnh của tổ chức tín dụng, thời hạn nộp thuế được kéo dài tối đa 30 ngày kể từ ngày nhận thông báo thuế. Nếu quá hạn mà doanh nghiệp chưa nộp, tổ chức bảo lãnh có trách nhiệm nộp thay.

Các đối tượng nộp thuế có hành vi vi phạm quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu sẽ bị xử lý nghiêm khắc tùy theo tính chất và mức độ vi phạm theo quy định của Luật sửa đổi, bổ sung số 04/1998/QH10 và các văn bản pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thuế, hải quan.

Nghị định 94/1998/NĐ-CP có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 1999. Tất cả các quy định trước đây về thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu trái với Nghị định này đều bị bãi bỏ. Các Bộ ngành liên quan bao gồm Bộ Tài chính, Bộ Thương mại, Bộ Khoa học, Công nghệ và Môi trường, Ngân hàng Nhà nước và Tổng cục Hải quan có trách nhiệm phối hợp hướng dẫn thi hành chi tiết văn bản này.